Стояла первая блокадная зима 1941/42 года. Театр и училище были эвакуированы в Пермь. Ваганова осталась в Ленинграде с семьей.
Утром 22 июня, когда в Ленинграде еще никто не знал, что началась война, Ваганова собиралась на репетицию выпускного спектакля. День обещал быть радостным: генеральная репетиция, а вечером - встреча с любимым выпуском 1931 года (десятилетний юбилей окончания школы).
Но вечерняя встреча отменилась, репетиция прошла, как в тумане, выпускной состоялся 26 июня.
До отъезда театра в Пермь спектакли шли в обычном режиме - каждый день. Артисты обслуживали воинские части и призывные пункты, почти все работали в группах противовоздушной обороны, в том числе и народная артистка РСФСР Ваганова.
Агриппине Яковлевне было уже за 60, но ее возраст был не заметен. Она по-прежнему была бодра, собрана внутренне, деловита. Как только театр эвакуировали в Пермь, Ваганова приступила к работе с артистами, которые остались.
Здание Мариинского театра было повреждено в одной из первых бомбежек. Было решено давать спектакли в Народном доме. 6 и 7 ноября были проведены праздничные концерты. 20 ноября театр открылся оперой "Евгений Онегин". Позже спектакли пришлось прекратить из-за отсутствия электричества.
Ваганова вспоминала: "Блокада переживалась и переживается артистами с героическим терпением. Иной раз приходится идти на концерт пешком. Это тяжело оперному артисту, а балетному - тем более... Репетиции балета проходили в трудных условиях. Следует учесть специфику балета - легкие открытые костюмы, - в условиях же холодного помещения работа была тяжеловата. Но все работали с увлечением, изголодавшись по своему любимому делу".
Агриппина Яковлевна не упоминает о голоде, хотя это было огромной проблемой. И работу называет лишь "тяжеловатой", хотя на самом деле в условиях холода, отсутствия электричества и голода трудиться было очень сложно. Но Ваганова упоминает только "голод по любимому делу".
Поздней весной 1942 года Ваганова приехала в Пермь. Ученицы писали ей письма-вызовы, в которых беспокоились о своем любимом педагоге. По приезде в Пермь Ваганова приняла активное участие в создании спектаклей для Пермского зрителя.
Пребывание ленинградских артистов оставило неизгладимый след в Перми - здесь полюбили балет. Зритель увидел шедевры классической хореографии в исполнении талантливых артистов. Именно поэтому и было решено создать в Перми свое балетное училище. Первым художественным руководителем стала Екатерина Николаевна Гейденрейх.
Театр и училище вернулись в родной Ленинград в июне 1944 года. Ваганова продолжила работать в своей любимой школе.
