13 июня 2015 года вынужден был вернуться в «Шереметьево» рейс SU2344 Москва — Дрезден, борт RA-89026. Произошел отрыв панели пилона, причем аварийную ситуацию заметили пассажиры. По мнению экипажа, самолет мог продолжать полет, но было принято решение о его возвращении в Москву. Борт приземлился в «Шереметьево» после выработки топлива. В результате инцидента никто не пострадал.
4 мая 2015 года техническая неисправность с SU 100 произошла во время рейса Москва — Киев. Уже после приземления самолета в киевском аэропорту «Борисполь» была обнаружена потеря части двигателя (стекателя газов). Инцидент не отразился на безопасности полета, заверили в компании. Борт совершил штатную посадку в аэропорту назначения.
14 октября 2014 года во время рейса SU1219 Пермь — Москва произошел отказ системы управления передней стойкой шасси. В результате инцидента никто не пострадал, самолет был отбуксирован на место стоянки с помощью тягача.
13 февраля 2014 года у самолета RA-89023 «Аэрофлота», выполнявшего рейс 1808, на взлете из аэропорта «Шереметьево» произошел отрыв капотов одного из двигателей. Сам двигатель при этом работал нормально. После выработки топлива самолет совершил штатную посадку в аэропорту вылета. В результате инцидента пострадавших не было. Расследование сочло виновным авиатехника, который не закрыл капоты вентилятора двигателя.
14 июня 2013 еще один инцидент с SU 100 произошел в аэропорту Одессы. В 17.58 в международный аэропорт Одессы поступило сообщение от экипажа рейса SU 1828 Москва — Одесса об отказе левого двигателя. Отказ произошел на расстоянии в 20 км от Одессы. По тревоге все спасательные службы аэропорта были приведены в состояние готовности и ожидали прибытия борта. В 18.11 самолет с 94-ю пассажирами на борту благополучно приземлился. Никто из пассажиров и членов экипажа не пострадал.
И, наконец, катастрофа SSJ 100 на Салаке 9 мая 2012 года. Во время выполнения самолетом Sukhoi Superjet 100-95B показательного демонстрационного полета над Индонезией через 25 минут после вылета из Джакарты в условиях облачности борт врезался в гору Салак на острове Ява. Погибли все 45 человек, находившиеся на борту — 37 пассажиров и восемь членов экипажа. Причиной катастрофы было названо стечение обстоятельств, некритичных по отдельности.