Вопрос сложный и неоднозначный. Во-первых, следует различать собственно обезьян и три символизируемые ими запрета (не видеть, не слышать и не говорить). Запреты-отрицания старше обезьян и их следы можно найти в различных религиозно-философских учениях мира, в древнейших литературных произведениях, в культуре многих народов, см. для примера категорию с параллелями к символике трех обезьян в нашем Словаре.
Определить какой-то единый центр невозможно, кажется, что три отрицания существуют везде и всегда. Иное дело — три обезьяны. Известно несколько гипотез происхождения символики трех обезьян.
Нам кажется наиболее вероятной и подтвержденной теория о японской родине символа. Культурно в среде народного культа Ко-син, «курируемого» буддистской школой тэндай, а географически — в районе горы Хиэй рядом с тогдашней японской столицей Киото.
Японские же исследователи считают, что три обезьяны в виде уже сложившегося символа вывезены с материка — из Китая, но могут происходить из других мест: из Индии или из Древнего Египта. Надежных доказательств подобным теориям не известно.