В 2499 году началось нашествие зергов на планеты людей. Первой колонией, попавшей под удар, стала Чау-Сара. После длительных боёв на поверхности, конфедераты засекретили произошедшее и эвакуировали население на соседнюю Мар-Сару. Вскоре после этого флот протоссов, прибывший в систему, выжег всё живое на поверхности. На Мар-Саре ситуация повторилась, но на этот раз Конфедерация бросала захваченные зергами поселения одно за другим, по-прежнему пытаясь скрыть инцидент и получить информацию о новых врагах. «Сыны Корхала» помогли жителям Мар-Сары эвакуироваться, что укрепило их позиции. На их сторону перешли магистрат колонии и её шериф, Джим Рейнор. Планета была оставлена людьми и выжжена протоссами. Продолжая свою войну с Конфедерацией, Менгск победил эскадрон «Альфа» на планете Антига-Прайм и освободил её. Конфедерация направила эскадрон «Омега» на подавление восстания. В то же время Менгск завладел технологией пси-излучателей — маяков, способных приманивать зергов с огромного расстояния — и с их помощью натравил зергов на конфедератов. В возникшем хаосе «Сыны Корхала» также спасли Эдмунда Дюка от зергов, вынудив его сотрудничать с повстанцами. Менгск и его армия ушли с планеты, после чего её, как и Мар-Сару, выжгли протоссы. С помощью излучателей Сыны Корхала натравили зергов на столицу Конфедерации — Тарсонис. Высадившиеся на планете протоссы начали бои с зергами. Испугавшись, что протоссы спасут конфедератов, Менгск отправил на планету Сару Керриган, чтобы она разбила протоссов. Одержавшие победу силы Керриган были атакованы превосходящими силами зергов. Менгск отказался из-за мести эвакуировать Керриган, что отвратило от него Рейнора и бывшего магистрата колонии, которые сбежали вместе со своими единомышленниками. На развалинах старого порядка Менгск объявил себя императором нового Доминиона терранов, фактически подчинив себе все уцелевшие колонии терранов в секторе Копрулу.
В ходе последующих боёв последние силы конфедератов были уничтожены зергами на Тарсонисе. В то же время, Доминион вёл войну с зергами, а Рейнор со своими людьми, столкнувшись на Чаре с заражённой Керриган, перешедшей на сторону Сверхразума, объединился с Вершителем протоссов Тассадаром. Пока остальные группировки терранов сражались с зергами и силами протоссов на своих планетах, Рейдеры в союзе с силами Тассадара и тёмных тамплиеров (протоссов-изгнанников) вели борьбу с силами Сверхразума на Айуре. Их кампания завершилась победой — Тассадар, объединив силу Кхалы и силу Пустоты, ценой своей жизни убил Сверхразум, а протоссы и союзные им терраны Рейнора отступили на родину тёмных храмовников — Шакурас. На конец войны положение терранов в секторе Копрулу было почти критическим — многие из миров, заселённых ими, были либо заражены зергами, либо выжжены дотла воюющими против зергов протоссами, что ставило под угрозу само выживание людей в секторе Копрулу. Хотя император Менгск сумел объединить множество фракций и группировок под своим командованием, его Доминион де-факто воевал со всеми пришельцами, — в том числе с экспедиционным корпусом Земли, — а также терранами, не принявшими нового порядка.