Как любитель аниме с большим стажем, имеющий друзей ненавидящих аниме, могу сказать, что причин несколько:
1) Аниме зачастую носит очень специфический сюжет, основанный на культурных традициях Японии или тесно перемешанный с ними. Даже если по сюжету действие происходит не в Японии - незабываемая японская стилистика вкупе с японским образом мысли там присутствует. Таким образом, чтобы не воспринимать аниме при просмотре как бред сумасшедшего - им надо проникаться долго и упорно. Не каждый человек на это готов пойти. А если этого не делать - то и аниме кажется бредом. Отсюда негатив.
2) Стиль, в котором оно нарисовано, также требует предварительного привыкания, а в противном случае вызывает отторжение.
3) В России в принципе почти отсутствует культура уважения к чуждым иностранным культурам, и даже шире - к чуждым вкусам (киношным, литературным, музыкальным) других людей. Если русскому не нравится рэп, то «рэп - говно». Вдумайтесь, не «Я не люблю рэп», - скажет человек, а именно «рэп - говно». С аниме тоже самое.
4) Качественное аниме с хорошим сюжетом почти никогда не транслировалось в РФ по центральному ТВ.
5) Любое творчество испортят его поклонники. После пресловутого 2007 года, в годах 9-10х, когда Аниме стало панацеей от Эмо, улицы больших городов и страницы рунета заполонили някающие кавайные школьники разной степени пубертатности и незрелости. У нормального взрослого или даже адекватного ровесника эта эпидемия вызывала отторжение.