Эмилия Кларк родилась 23 октября 1986 года в Лондоне. В раннем возрасте она переехала со своей семьёй в английский город Беркшир.
Мама девочки была далека от киноиндустрии, занималась предпринимательством. В то время как отец работал в местном театре, звукорежиссёром, это сыграло важную роль в выборе жизненного пути Эмилии. Согласно актрисе, она начала мечтать об актёрской карьере в трёхлетнем возрасте, когда впервые пришла в театр.
Профессиональная карьера Эмилии началась с эпизодической роли в сериале «Врачи» (2009). В 2010 году она сыграла одну из ролей в сериале «Триасовая атака» (2010).
Однако только после роли Дейенерис в «Игре престолов» Эмилия стала известной на весь мир. После успеха в сериале HBO на актрису посыпались предложения из разных кинокомпаний.
В 2013 году Кларк дебютировала на Бродвее в экранизации романа Капоте «Завтрак у Тиффани». В сентябре 2013 года состоялась премьерный показ фильма «Дом Хемингуэя», где она сыграла вместе с Джудом Лоу. Фильм провалился в прокате, заработав только 1,8 млн. долларов при бюджете 7 млн. долларов.
В 2018 году вышел фильм «Хан Соло» с участием актрисы.
У Эмилии Кларк есть младший брат, который стал политологом. Отец актрисы умер в 2016 году. Примирение со смертью отца было для неё очень трудным. Не только потому, что она не могла представить себе мир, где его нет, но и потому, что она не могла сопровождать его в последние дни его жизни. В это время Эмилия была на съёмках фильма «Над подозрением». Ей удалось закончить съёмки раньше, но как только её самолёт приземлился, Кларк узнала, что её отец умер.
Актриса защищает свою личную жизнь и мало говорит о своих партнёрах. Известно, что с июля 2012 года по март 2013 года Эмилия встречалась с Сетом Макфарлейном.
В 2015 году актриса завела роман с Джейном Кортни, с которым она работала на съёмках фильма «Терминатор»: Генезис. Их отношения длились всего 5 месяцев. В настоящее время Кларк остаётся без пары.