Генерал-фельдмаршал Федор фон Бок, в то время командующий Группой Армии Центр, намеревался уничтожить силы Советского фронта в Белостоке мощным ударом бронированных клещей как с севера, так и с юга, а затем продолжать уничтожать остатки частей возле Минска.
В северный кулак входила Panzergruppe 3 генерал-полковника Гота, который выставил четыре танковые дивизии и три мотострелковые дивизии XXXIX и LVII армейских корпусов. Первоначальная цель для обоих корпусов состояла в том, чтобы прорваться через пограничные оборонительные сооружения 11-й армии и продвинуться на 45–65 км для захвата переправ через реку Неман в Алитусе и Меркине.
После этого корпуса должны были выдвинуться на восток через Литву и Беларусь, а затем охватить Минск с севера. По плану удар Гота в стыке между Северо-Западным и Западным фронтами должен был быть выигрышным.
Однако лесистый ландшафт местности вызвал у продвигающихся немецких частей некоторые трудности.
Для поддержки танковых дивизий Готу выделили VIII авиационный корпус Люфтваффе. В его составе имелось 158 пикирующих бомбардировщиков Ju-87 Stuka из St.G. 1 и св. 2 и семьдесят восемь истребителей-бомбардировщиков Bf-110 из ZG 26.
В составе 11-й советской армии насчитывалось восемь пехотных полков, которые были сосредоточены на протяжении 170 км вдоль южной границы Литвы. 3-й механизированный корпус Куркина находился в резерве, на восточной стороне реки Неман.
22 июня в 0 ч. 40 м. Panzergruppe 3 пересекла границу. Два немецких танковых корпуса легко обошли основную часть 128-й стрелковой дивизии и выдвинулись к Неману. В 12 ч. 40 м. основная часть 7-й танковой дивизии во главе с оберстом Карлом Ротенбургом достигла окраины Алитуса и захватила два моста на реке Неман которые в тот момент охраняли отряды охраны НКВД.
Кузнецов, руководящий Северо-Западным фронтом, для поддержки контратаки отправил под Расейняй 2-ую танковую дивизию из 3 мехкорпуса, оставив в резерве 5-ую танковую дивизию полковника Ф. Федорова которая должна была остановить кампенгруппу Ротенбурга.
Чтобы добраться до Алитуса танки Федорова должны были пройти 30 км, но из-за технических проблем по дороге было оставлено несколько машин. Когда же ведущие части советской дивизии достигли Алитуса, 25-й Ротенбургский танковый полк уже пересекал Неман.
Лейтенант Иван Григорьевич Вержбицкий, возглавлявший 2-ой батальон 9-го танкового полка, прибыл к месту первым с сорока четырьмя танками Т-34. Один Т-34 под командованием сержанта Макогана обстрелял немецкую колонну и уничтожил танк Pz.38 (t), пересекавший северный мост. Этот бой оказался самым первым немецким контактом с T-34 – меньше чем через десять часов после начала Барбароссы.
По техническим характеристикам Т-34 значительно превосходил Pz.38 (t). Однако экипажи советских танков не имели достаточного боезапаса. К тому же у водителей не было опыта работы с новыми танками. Вержбицкий решил вернуть свои танки и дождаться подкрепления, которое вскоре прибыло с двадцатью четырьмя средними танками Т-28 первого батальона 9-го танкового полка.
Немецкие танки не могли приблизиться на эффективную дистанцию для стрельбы из своего 37 мм орудия и были заблокированы танками Федерова.
В это время Ротенбург для поддержки вызывает Люфтваффе, самолеты которого начинают громить советские позиции.
Тем временем части 7-ой танковой дивизии захватывают южный мост, однако также оказываются заблокированными 10-м советским танковым полком, оснащенным сорока пятью танками БТ-7.
Проведя в течении дня три контратаки и нанеся некоторый урон 7-ой танковой дивизии, Федоров быстро истощил свои силы. В отличие от немцев, Федоров не имел хорошую пехотную, артиллерийскую и авиационную поддержку. К тому же запасы топлива и боеприпасов подходили к концу.
Шмидт, командующий XXXIX Армейкорпусом, направил авангард из 20-й танковой дивизии в сторону северного плацдарма, куда он прибыл в 19:30 часов.
25-ый танковый полк 7-й танковой дивизии вырвался из плацдарма и начала атаковать уставших танкистов Федорова. К вечеру Федорову пришлось прервать свои действия.
Битва при Алитусе стоила 5-й танковой дивизии потери семидесяти трех танков (шестнадцать танков Т-28, двадцать семь танков Т-34 и тридцать БТ-7). В свою очередь 11-я и 7-я танковые дивизии потеряли семь Pz.38 (т) и четыре Pz.IV.
Большинство Т-34 были потеряны из-за ошибок экипажа, в том числе два из них утонуло в реке Неман, другие же были брошены в канавах.
Согласно советским источникам, потери немецких танков в Алитусе - около тридцати бронированных машин, однако большая часть из них получила только незначительные повреждения.
Также представляется, что один советский Т-34, которым командовал сержант Макоган, мог быть ответственен почти за половину немецких потерь. Зачастую в танковом бою большая часть урона наносится несколькими высококвалифицированными экипажами.