После остановки на базе Йорктаун, удаленном форпосте на периферии пространства Федерации, Энтерпрайз получает новое задание и направляется в сторону таинственной туманности, где предположительно пропал без вести другой корабль. Однако по прибытию на место их корабль разрушает неизвестная раса, обладающая новейшей техникой. Весь экипаж Энтерпрайза оказывается заперт на планете, населенной врагами, которые со дня на день собираются начать вторжение в системы Федерации. Капитану Кирку придется найти пропавших членов экипажа и совместными силами дать отпор захватчикам.