Вологодский колодничий тракт появился в XVI в., когда впервые возникла государственная тюрьма в Соловецком монастыре. В XVII—XVIII вв. Вологда постепенно превратилась в важнейший центр тракта, а вологодские обители использовали как тюрьмы и исправительные заведения.
2 сентября 1721 г. Синод утвердил маршрут колодников духовного ведомства из Санкт-Петербурга на Соловки, через Ладогу и Вологду. Первыми из Тайной канцелярии были отправлены двое «обнаженных колодников» - монах Макарий и поп Федора. После пыточного расспроса их приговорили к вечному заключению в Соловецкой тюрьме.
«Обнаженными колодниками» называли преступников из числа духовенства, которых лишали церковных званий. Это предпринималось в тех случаях, когда по отношению к обвиняемым применяли пытки при подозрении их в совершении государственных преступлений. Применять пытку к представителям духовенства можно было только после снятия духовного сана.
По указанию Тайной канцелярии они были переведены в Синод, которому поручалось произвести их этапирование. Формально Синод не подчинялся Тайной канцелярии, однако зловещая тень этой всевластной государственной организации пугала всех подданных. Синод, только что ставший одновременно и государственным, и церковным органом, вынужден был подчиниться.
Транспортировка осужденных осуществлялась на ямских подводах гражданского ведомства. Постановление Синода предписывало во время ночевки на открытом пространстве охране спать вперемешку с колодниками для предотвращения случаев бегства.
Жалобы со стороны местного населения и духовных властей на действия конвоя, свидетельствуют о нарушениях при добыче провианта и незаконном сборе денежных средств в провинции. Известны и такие вопиющие случаи, когда конвой отпу¬скал колодников за вознаграждение.
Иногда причиной была безалаберность охраны при мытье в бане, ночевке в лесу. Тем не менее большая часть побегов происходила из-за злоупотребления служебным положением. Как правило, виновных в совершении побегов наказывали.
При отправке колодников высокого ранга соблюдался особый режим охраны, высокостатусным колодникам устанавливали повышенное денежное содержание. Например, сосланный в Вологду архиепископ Георгий (в заключении Гедеон) был отправлен к месту заключения в сопровождении не только охраны, но и нескольких слуг.
На территории Санкт-Петербургской (Петропавловской) крепости, которую также называли русской Бастилией, располагались Тайная канцелярия и первая следственная тюрьма, открытая в 1717 г. Обвиняемые размещались в колодничьих палатах и казематах, строились специальные деревянные клети, не имевшие ни окон, ни дверей, куда подозреваемых спускали сверху по лестнице. После правежа (пыток) в «судейской светлице» (так называлось помещение Санкт-Петербургской крепости, где происходил пыточный расспрос) многие заключенные становились инвалидами и сумасшедшими.
В 1720-е гг. государство осуществило перевод в Вологодскую епархию части колодников, не выдержавших пыток и по этой причине сошедших с ума. Ссылка безумных колодников на длительное время стала визитной карточкой региона.
Тайная канцелярия хотела поскорее от них избавиться. Синоду было дано поручение подыскать подходящие для размещения колодников монастыри, выбрали Вологодскую и Казанскую епархии. Первых колодников из Санкт-Петербурга стали отправлять в Вологду в 1727 г. В тексте постановления прямо констатируется, что они «впали в безумство» во время следствия. Отправляя их в Вологду, Синод дал указание архиерею разместить их в монастыре и дать инструкцию для настоятеля этого монастыря, запрещающую слушать «безумные речи» и писать на них доносы.
Источник: Павлушков А. Р. Пенитенциарная практика монастырей Вологды в дореволюционный период / А. Р. Павлушков // Вологда. – 2003. – С. 276-295