На территории Ненецкого автономного округа насчитывается около двух тысяч рек, большая часть которых относится к малым рекам и ручьям. Как правило, реки автономного округа имеют, преимущественно, равнинный характер. С учётом того, что реки Ненецкого автономного округа относятся к восточно-европейскому типу, для них характерно весеннее половодье с резким повышением уровня воды.
Как отмечают местные жители, многие реки Ненецкого автономного округа перемерзают. На территории округа расположены нижние части бассейнов Печоры, Кары и Коротаихи, а также ряда средних и малых рек, впадающих в Баренцево и Карское моря. Также крупнейшими реками, частично или полностью протекающими по территории автономного округа, являются притоки Печоры первого и второго порядка – Сула, а также Адзьва и Колва (притоки р. Усы).
Озёр на территории Ненецкого автономного округа гораздо больше — около ста шестидесяти тысяч. Широкое распространение имеют озёра, расположенные в старицах крупных рек, например, Печоры. Практически все водоёмы Ненецкого автономного округа являются естественными, а доля искусственных водоёмов крайне мала. К самым крупным озёрам на территории автономного округа относятся — Голодная Губа, Городецкое, Урдюжское, Варш, Несь и Пильня.