Старейший храм с архитектурой стиля барокко в Калуге берет свое начало с 1685 года. Конечно, в то время он был деревянным, а каменным стал в 1735 году.
Как и многие святилища религии храм Иоанна Предтечи многое пережил за многовековое существование. В 1754 году церковь в Калуге полностью сгорела при пожаре вместе с ближайшими постройками. Погибли в огне почти все образы. Но произошло чудо и спасён главный храмовый образ Иоанна Крестителя: "вынесен на огороды и уцелел. А пономарь сей церкви Трифон, вбежавший в нее для взятия Евангелия, от усилившего пламени сгорел".
Храм пережил многие поколения и смены власти. В нем при советских временах располагались и склад, и городской колледж культуры. И только потом церковь передали епархии.
Казалось бы, что трудные времена закончились. Однако в 1950 годах местные чиновники посчитали, что алтарь слишком выступает на улицу Московскую и мешает автомобилям. А раз советские чиновники так посчитали, алтарь был просто снесен.