Англия выиграла 5-1, но матч был омрачен расистским скандированием от некоторых домашних фанатов, направленных на нескольких игроков Англии, включая Дэнни Роуза.
УЕФА заявил, что против Черногории было открыто" дисциплинарное производство "по одному обвинению в"расистском поведении".
Дело будет рассмотрено руководящим органом европейского футбола 16 мая.
Тренер Любиш Tumbakovic Черногории сказал, что он не "слышал или заметил никаких" расистских оскорблений.
Но менеджер Англии Гарет Саутгейт, выступая на BBC Radio 5 Live, сказал, что он"определенно слышал расистское злоупотребление Розой".
"У меня нет сомнений, что это произошло", - добавил он. - Я знаю, что слышал. Это неприемлемо.
"Мы должны убедиться, что наши игроки чувствуют поддержку, они знают, что раздевалка есть, и мы, как группа сотрудников, там для них.
- Мы должны сообщить об этом по правильным каналам. Ясно, что это услышало очень много людей, и мы должны продолжать добиваться успехов в нашей стране и доверять властям в принятии правильных мер."
Антидискриминационная группа Fare заявила, что они определили матч как "высокий риск" для расизма перед игрой, и исполнительный директор Пиара Повар сказал: "У нас был наблюдатель, который собрал доказательства расового насилия.
"Наша команда мониторинга собирала доказательства, которые у нас есть, прежде чем представить их УЕФА."
Черногории также предъявлены другие обвинения, связанные с беспорядками в толпе, бросанием предметов, запуском фейерверков и блокированием лестниц после игры на городском стадионе Подгорицы.
Минимальное наказание от УЕФА за инцидент расизма-частичное закрытие стадиона, в то время как второе преступление приводит к тому, что один матч проводится за закрытыми дверями и штраф в размере 50 000 евро (£42,500).
Правила УЕФА добавляют: "любое последующее преступление наказывается более чем одним матчем за закрытыми дверями, закрытием стадиона, конфискацией матча, вычетом очков и/или дисквалификацией с соревнований."