В 2007 году начал тренерскую карьеру, возглавив «Барселону Б». В первом же сезоне клуб поднялся на первую строчку четвертого дивизиона и перешёл в третий. C 2008 по 2012 годы Гвардиола являлся тренером основного состава «каталонцев». За это время «Барселона» под руководством Хосепа трижды выигрывала чемпионат и Суперкубок Испании, дважды Кубок Испании, Лигу чемпионов, Суперкубок УЕФА и Клубный чемпионат мира. В 2009 и 2011 годах Гвардиола становился лучшим клубным тренером мира. Таким образом, всего за 4 года Пеп стал самым титулованным тренером "каталонцев". В 2013 году Пеп возглавил мюнхенскую «Баварию», подписав контракт до июня 2016 года. Будучи наставником мюнхенцев, Гвардиола за 3 сезона трижды выигрывал Бундеслигу. А с 2016 года он является рулевым "горожан". Под его руководством "Ман Сити" в прошлом сезоне выигрывали АПЛ, а ныне Хосеп не прочь повторить прошлогодний успех. К тому же, и от своих лигочемпионских амбиций Гвардиола не откажется. В этом турнире "горожане" рассчитывают на победу.
Перечень трофеев в тренерской карьере Хосепа Гвардиолы:
«Барселона»
Чемпион Испании (3): 2008/09, 2009/10, 2010/11
Обладатель Кубка Испании (2): 2008/09, 2011/12
Обладатель Суперкубка Испании (3): 2009, 2010, 2011
Победитель Лиги чемпионов (2): 2008/09, 2010/11
Обладатель Суперкубка УЕФА (2): 2009, 2011
Победитель Клубного чемпионата мира (2): 2009, 2011
Итого: 14 трофеев
«Бавария» (Мюнхен)
Чемпион Германии (3): 2013/14, 2014/15, 2015/16
Обладатель Кубка Германии (2): 2013/14, 2015/16
Обладатель Суперкубка УЕФА: 2013
Победитель Клубного чемпионата мира: 2013
Итого: 7 трофеев
«Манчестер Сити»
Чемпион Англии: 2017/18
Обладатель Кубка Футбольной лиги (2): 2018, 2019
Обладатель Суперкубка Англии: 2018
Итого: 4 трофея