Самвел Бабаян был отправлен в отставку после того, как национальная сборная Узбекистана не смогла квалифицироваться на чемпионат мира 2018 года. Позднее АФУ через портал Президента Республики Узбекистан получила более десяти тысяч писем с жалобами на Самвела Бабаяна. Согласно этому, 15 января 2018 года Ассоциация футбола Узбекистана возбудила дело против Самвела Бабаяна, а бюро Исполнительного комитета АФУ приняло решение об отстранении специалиста от футбола на пожизненный срок.
В ходе изучения данного дела было установлено, что Самвел Бабаян использовал национальную сборную Узбекистана в своих личных интересах. Только по этой причине уже можно было закрыть двери сборной для него навсегда. Однако, позднее, ФК «Бунёдкор» обратился в Исполком АФУ с просьбой о снятии дисквалификации с бывшего тренера сборной Узбекистана под личное поручительство клуба.
«ФК «Бунедкор» под личную ответственность просит о смягчении дисциплинарных санкций в отношении Самвела Бабаяна. Стоит учитывать тот факт, что глава нашего государства неоднократно издавал указы о помиловании людей, которые обвинялись в тяжёлых преступлениях, но глубоко раскаялись о содеянном и твердо встали на путь исправления. Мы считаем, что необходимо протянуть руку помощи тем, кто виновен, но готов работать, чтобы искупить свою вину, руководствуясь принципом гуманизма», - говорится в заявлении.
Члены Исполнительного комитета АФУ единодушно поддержали данное обращение. Таким образом, работа Исполкома АФУ завершила свою работу по делу Бабаяна 1 февраля 2018 года, а дисквалификация специалиста была отменена.
Во времена работы Самвела Бабаяна в национальной сборной Узбекистана было допущено множество ошибок. АФУ сделала соответствующие выводы и постаралась устранить недостатки. В этой связи, АФУ приняла решение назначить на пост главного тренера сборной Узбекистана иностранного тренера, который хорошо знаком с европейским и латиноамериканским футболом, у которого есть потенциал для работы с узбекскими футболистами, и который добился выдающихся успехов за свою карьеру.
В дальнейшем АФУ никогда не допустит, чтобы Самвел Бабаян работал в какой-либо сборной команде страны. Кроме того, у АФУ нет никаких претензий относительно решения «Локомотива» о принятии на работу в свой клуб Самвела Бабаяна.