Генетические тесты становятся всё популярнее. Однако чтобы адекватно оценить, нужен ли вам тест, и понимать, какую информацию вы можете получить благодаря генетическому исследованию, необходимо понимать, какие существуют технологии проведения теста. Наши партнёры из команды yRisk расскажут, какие технологии применяются в генетических тестированиях, какие они имеют ограничения и зачем вообще могут быть нужны генетические тесты.
Полимеразная цепная реакция
Самый распространённый и дешёвый метод анализа генов — это полимеразная цепная реакция (ПЦР). Стоимость таких тестов невысока (в районе 5 тысяч рублей), однако этот метод имеет серьёзные ограничения. ПЦР-тест не определяет полную последовательность нуклеотидов на участке ДНК, а только фиксирует наличие или отсутствие ограниченного количества мутаций гене, проверяя только «горячие» точки. Из-за того, что метод не охватывает ген целиком, он может пропускать патогенные мутации.
В частности, ПЦР-тест на наследственный рак молочной железы и яичников, использующийся в России, определяет лишь 8 мутаций в генах BRCА1 и BRCA2. Всего же в генах BRCA1 и BRCA2 описано 3000 патогенных мутаций. Известно, что только у половины российских пациенток с BRCA1/2-мутациями встречаются эти 8 распространенных
мутаций. Это означает, что половина пациенток с мутациями, сделав тест, получат ложноотрицательный результат и не примет необходимые меры для снижения рисков.
Ещё одно важное ограничение — это небольшой список генов в тестах ПЦР. Несмотря на то, что часто риски развития рака молочной железы связывают только с генами BRCA1, BRCA2, существуют ещё как минимум 15 генов также связанных с этим заболеванием: CHEK2, NBN, TP53, STK11, PTEN, CDH1, CTNNA1, ATM, BRIP1, BARD1, PALB2, MRE11A, RAD50, RAD51C, RAD51B. Чтобы грамотно проверить наличие или отсутствие склонности к заболеванию, стоит сделать тест на 17 генов.
Существует исследование, демонстрирующее, что полигенные тесты детектируют на 40-50% больше мутаций. Сравнение результатов поиска мутаций у пациентов с семейной историей рака молочной железы и яичников показало, что при анализе только генов BRCA1 и BRCA2 патогенная мутация обнаружена у 9.3% пациентов, а при анализе панели из 25 генов, включая BRCA1 и BRCA2, мутации обнаружены у 14% пациентов. Таким образом, расширенная панель генов позволяет существенно увеличить точность диагностики.
Микрочипы
Тесты некоторых компаний, например 23andMe, Атлас, Генотек основаны на технологии ДНК-микрочипов, которая предназначена для одновременной проверки наличия большого количества вариаций в разных генах. Техническое ограничение такой технологии в том, что положение точек в которых могут быть мутации должно быть заранее известно. Такое в случае многофакторных заболеваний случается редко: чтобы точно оценить наличие или отсутствие мутации необходимо проверить ген целиком или несколько областей в разных генах, а не отдельные его точки.
К тому же много вопросов возникает по интерпретации полиморфизмов (варианты генов, которыми люди отличаются друг от друга).
…Разные генетические стартапы в мире по-разному интерпретируют одни и те же полиморфизмы — и, если кто-то выявил, что определённая особенность увеличивает риски заболевания, кто-то про ту же особенность скажет, что она уменьшает риски. Это то же, что связывать количество лосося, выходящего на нерест на Дальнем Востоке, с погодой в Африке. Взаимосвязь между этими факторами может выявиться, но будет ли она иметь осмысленность в реальности, — это ещё вопрос.
Статья с сайта "Секрет Фирмы"
Поэтому метод микрочипов не используется в медицинской генетике, и относится к сфере генетики развлекательной.
Тем более не стоит принимать всерьёз данные, полученные методом микрочипов, касательно рисков развития той или иной болезни. Недавнее исследование Ambry genetics — компании, которая занимается интерпретацией данных, полученных из потребительских ДНК-тестов — показало, что 40% генетических вариантов, найденных в «сырых» данных были ложноположительными. То есть недостаточное качество данных привело к тому, что мутация «проявилась» там, где на самом деле ее нет. Такие результаты в любом случае стоит подтверждать в клинических лабораториях.
Секвенирование
Услуги медицинской генетики включают выявление генетических причин наследственных заболеваний для раннего скрининга и профилактике тех болезней, которые с высокой степенью вероятности произойдут. Известный пример — это история Анджелины Джоли, которая сделала профилактические операции, чтобы уменьшить высокий риск заболеть раком из-за генетической мутации в гене BRCA1.
В медицинской генетике используется метод секвенирования, который позволяет исследовать ген целиком. Можно секвенировать и полный геном (то есть расшифровать полную последовательность собственных генов) или только панель генов (например, 42 гена, мутации в которых связаны с повышенными рисками развития рака). Результаты секвенирования могут быть использованы для принятия медицинских решений, поскольку они имеют высокую диагностическую точность и дают минимум ложноотрицательных результатов в сравнении с другими тестами.
Метод NGS (секвенирование нового поколения) является стандартом генетического тестирования в США. Американские диагностические компании, Myriad, Invitae, Color и другие, используют технологию NGS при анализе рисков развития рака.
Тесты методом NGS можно сделать в некоторых государственных онкологических клиниках (62-й Больнице и Центре Рентгенорадиологии в Москве, НИИ Онкологии им. Петрова в Санкт-Петербурге и Республиканском Клиническом Онкологическом Диспансере в Казани), но исследования там делают только по направлениям врача и, в основном, уже тем, кто болеет.
Здоровый человек, который хочет узнать о своем здоровье больше, и у которого в семье были случаи онкологических заболеваний (или если история семьи неизвестна), может сделать тест в генетической лаборатории yRisk.
На сайте компании можно записаться на бесплатную консультацию, на которой можно подробно обсудить детали своей семейной истории и понять, нужно ли делать тест.
Для подписчиков Darth Biology действует промокод на скидку 1000 pублей: YRISKFRIENDS
***