Четвертая часть Uncharted изначально создавалась под руководством Эми Хенниг, а после ее ухода из Naughty Dog в 2014 году полностью перешла в руки команде постановщиков The Last of Us Нилу Дракманну и Брюсу Стрейли, которые решили внести в нее правки, в том числе в сценарий
Несмотря на то, что основная сюжетная арка была преимущественно сохранена, без изменений в сюжете не обошлось. Кроме того, без Хенниг Naughty Dog ввела в игру новых персонажей. Например, никакой Надин изначально не было вообще.
"Многое осталось прежним, но когда я работала над игрой, у нас не было флешбеков в детство Дрейка, а также не было персонажа Надин.
Основные различия связаны с тем, каким я представляла старшего брата Нейтана Дрейка - Сэма. Мой вариант был несколько иным. В классическом смысле слова я бы не назвала его антагонистом, но в жизни младшего брата он был бы антогонизирующим элементом. Это было не просто "Эй, брат, у меня проблемы". Разумеется в финальной версии U4 у Сэма был антагонистический элемент, но он был не с самого начала. В моей истории Сэм начинал путь как призрак из прошлого Дрейка, а затем переходил от враждебности до своего рода примирения и воссоединения".
Ранее Эми Хенниг рассказывала о решении не играть в итоговую версию Uncharted 4.
"Если вы разошлись с супругом, а он потом повторно женился, вы же не захотите видеть на Facebook фотографии счастливой пары, правда? Когда вытягиваешь этих игровых героев из себя, не очень приятно видеть их в чужих руках".