Спустя почти 300 лет после окончания Великой Войны, которая забрала с собой большую часть населения планеты, общество разделилось на две социальные группы. Элита общества живет в поднебесной с шикарными апартаментами и всевозможными удобствами, бедные же живут на свалках, побираясь в вечных поисках средств существования. Вот и в этот раз доктор Идо бродит по руинам отходов, где находит удивительную девушку, сломанного киборга Алиту.
После долгого ремонта Алита включается, но понимает, что не имеет никаких воспоминаний, кроме того, как владеть боевыми искусствами. Теперь ей предстоит не легкий путь восстановления и поиск людей, по причине которых она оказалась на свалке.