Освобождение было приказано начальником разведки и безопасности Судана Салахом Гошем, говорится в заявлении Министерства информации.
Более 1000 человек были задержаны в ходе протестов, которые начались в декабре.
Президент Омар Аль-Башир обвинил в беспорядке "иностранных агентов" и повстанческих групп в регионе Дарфура.
Тем временем в столице Хартуме применили слезоточивый газ для разгона десятков демонстрантов в районе Бурри во вторник, сообщили очевидцы.
Были также антиправительственные протесты в соседнем городе Омдурман и в городе Красного моря порт-Судана.
Демонстрации начались из-за сокращения субсидий на хлеб и топливо, но позже переросли в гнев на 30-летнее правление президента.
По сообщениям правозащитных групп, в столкновениях с силами безопасности погибло более 40 человек.
"Начальник Национальной службы разведки и безопасности издал приказ об освобождении всех задержанных", - говорится в заявлении во вторник.
Но маловероятно, что этот шаг успокоит протестующих. Гнев растет, и антиправительственные настроения не показывают никаких признаков улучшения, добавляет он.
Среди задержанных были лидеры оппозиции, активисты и журналисты.
Некоторые иностранные журналисты были лишены возможности освещать события в стране. На этой неделе журналистам, работающим в агентстве "Аль-Джазира", турецком информационном агентстве "Анадолу" и Саудовском телеканале "Аль-Арабия", отказано в аккредитации.
Президент Судана Омар Аль-Башир заявил, что предпринимаются усилия по дестабилизации его страны путем попытки тиражирования так называемой арабской весны.
Он выступал в столице Египта Каире после встречи со своим коллегой Абделем Фаттахом АС-Сиси.
Это его вторая Зарубежная поездка с тех пор, как в декабре начались протесты.