И Фрунзе, и Врангель понимали, что Крым обречен. Поэтому начиная с апреля 1920 года большевики несколько раз обращались к главнокомандующему Вооруженными силами Юга России с предложением о капитуляции в обмен на амнистию. Призывал к сложению оружия и Алексей Брусилов, командир Врангеля во время Первой мировой войны. Последние предложения о капитуляции поступили 11 и 12 ноября, однако Врангель скрыл их от своих войск, полагая, что солдаты в обмен на амнистию бросят свои позиции, что для командования был равносильно смерти.
16 ноября из Крыма отплывает последний пароход с остатками Белой армии, а 17 ноября Красной Армией подавлены последние очаги сопротивления. Местное население, солдаты и офицеры, пожелавшие остаться, рассчитывали на милость большевиков, вспоминая предыдущее вступление красных в Крым. Однако ситуация после нескольких месяцев ожесточенных битв изменилась.
Первые акты проявления террора начались стихийно сразу после занятия крымских городов частями Красной Армии и красными партизанами. Отдельные группы участвовали в расправах над бывшими военнослужащими армии Врангеля, в первую очередь над офицерами. Все это сопровождалось грабежами и погромами винных складов, что командование Южного фронта всячески пыталось пресечь.
Вскоре после окончания боевой операции в Крым прибывают представители центральной власти в лице Георгия Пятакова, Розалии Землячки и венгерского коммуниста Белы Куна. Для борьбы с контрреволюцией глава ВЧК Феликс Дзержинский также направляет своих представителей. Во избежание проникновения крымчан на материк было введено особое положение, которое объяснялось борьбой с эпидемиями. Запрет на свободное передвижение был снят только через год.
В качестве органа власти на полуострове еще до его окончательного взятия был сформирован Крымский революционный комитет за председательством Белы Куна, который моментально приступил к борьбе с чуждым элементом, издав приказ №4 об обязательной явке и регистрации в трехдневный срок солдат и офицеров армии Врангеля, чиновников, иностранцев и иных лиц, прибывших в Крым после установления власти белых. Рассчитывая на обещанную амнистию, бывшие враги Советской власти массово являлись в Ревкомы, что для них это было ловушкой. В приказе №167 круг лиц, подлежащих регистрации, был расширен и туда вошло духовенство, сотрудники полиции и жандармерии и лица с дорогим имуществом.
Непосредственно репрессии осуществляли сформированные по приказу Ревкома Особые отделы, которые приводили в действие приговоры, вынесенные в ускоренном порядке. В отличие от других примеров Красного террора, в Крыму приговоры выносились сразу на несколько человек, что поставило репрессии на поток. Для содержания задержанных на время короткого следствия их помещали в концентрационные лагеря, которые также становились и местом казни.
Одним из центров массовых убийств стал Симферополь, где расстрелы продолжались вплоть до марта 1921 года и их жертвами стало свыше 20 тысяч человек. В Севастополе жертвами террора оказалось около 12 тысяч человек. Одним из мест проведения казней стала Максимова дача, где приговоренные сами рыли себе могилы, после чего их расстреливали. Ялту, Евпаторию, Керчь также захлестнула волна репрессий, количество жертв в каждом из этих городов шло на тысячи. Кроме расстрелов к жителям Крыма применялась высылка в другие регионы РСФСР, а также заключение в тюрьмы и концлагеря.
Жестокость Крымского террора возмутила даже местных большевиков, которые посылали многочисленные ходатайства о смягчении участи задержанных, а также обращались к центральной власти с просьбами о прекращении расстрелов и отставке деятелей Ревкома. В январе 1921 года наиболее одиозные представители Ревкома Бела Кун и Розалия Землячка были отозваны, что значительно уменьшило количество убийств, однако они все равно продолжались.
Только после доклада видного мусульманского деятеля Мирсаида Султан-Галиева в мае 1921 года о произволе и жестокости крымских властей политика террора начала сворачиваться. Известия о перегибах стали просачиваться в прессу, лидеры большевиков осудили действия Ревкомов, что позволило начать амнистию остававшихся в заключении крымчан. Осенью был открыт свободный выезд из Крыма, опустевший полуостров начали заселять люди из разных концов РСФСР.
До сих пор не установлено точное количество жертв Крымского террора. Только советские источники указываю ужасающую цифру в 52 тысячи человек. Современные исследователи оценивают число погибших в 100-150 тысяч. Как бы то ни было, Крымский террор стал одним из ужасающих актов Советской власти в Гражданской войне.