В начале сентября 1774 года, после поражения у Чёрного Яра (Астраханская губерния) Емельян Пугачев с женой, сыном и двумя сотнями яицких казаков переправился на левый берег Волги. Бунтарь не пал духом и предлагал отряду пойти к терским, запорожским казакам, калмыкам, в Сибирь или за море «подымать орды». Пугачев был настроен продолжать борьбу. Казаки отказывались, заявляя, что в чужие земли не пойдут. Звали Пугачева обратно на Яик, где остались их семьи и дома. Все же среди казаков уже зрел заговор. Мечты части казаков стать «первым сословием в государстве» развеялись как дым. Они думали о собственном спасении, а для этого надо было выдать главу восстания.
8 сентября отряд достиг реки Большой Узени. Не все казаки были в сговоре, поэтому было жизненно важно изолировать Бунтаря от верных казаков. Пугачев поехал к старикам-бахчевникам за дынями, с ним направились и главари заговора. Полковник и командир артиллерии Фёдор Чумаков заговорил первым: «Что, ваше величество? Куда ты думаешь теперь идти»? «А я думаю, — отвечал Пугачев, — идти по форпостам и, забрав своих людей, двигаться к Гурьев городку. Тут мы перезимуем и, как лёд скроется, то севши на суда, поедем на Каспийское море и тамо подымем орды, они верно за нас вступятся». «Иван, что задумал, то затевай!», — крикнул другой полковник Федульев.
Казак Иван Бурнов схватил Пугачева за руки. На него набросились и отобрали оружие. Пугачев пытался вырваться, вскочил на лошадь, понёсся к камышам, но его перевалили и связали. В дороге, когда его на время развязали. Он схватил шашку и пистолет, направив его в грудь Федульеву, но курок дал осечку. Пугачева снова связали и вместе с женой и сыном посадили в телегу. 14 сентября они добрались до Бударинского форпоста и сдали Пугачева.
Емельяна Пугачева доставили в Яицкий городок, где его допросил лично полководец Александр Суворов, оттуда в специальной железной клетке, под охраной воинский частей с артиллерией, повезли в Симбирск. В ноябре привезли в Москву и посадили на цепь в Монетном дворе в Охотском ряду. Здоровье Пугачева уже было подорвано пытками, которым он подвергался в Яицком городе и Симбирске. Поэтому Екатерина II специально выпустила приказ, чтобы во время допросов проявляли «возможную осторожность».
По окончанию следствия был определен состав суда, в который вошли 14 сенаторов, 11 «персон первых трех классов», 4 члена Синода и 6 президентов коллегий. Первое заседание состоялось 30 декабря 1774 года. Через некоторое время суд приговорил Пугачева к смертной казни:
«Емельку Пугачева четвертовать, голову воткнуть на кол, части тела разнести по четырем частям города и положить на колёса, а после на тех местах сжечь».
Вместе с ним к четвертованию приговорили одного из его сподвижников Афанасия Перфильева. А к казни через повешение казаков Максима Шигаева, Тимофея Подурова и Василия Торнова.
В день казни было холодно и ветрено. Болотная площадь была оцеплена войсками, посреди стоял эшафот. На санях подвезли Пугачева с Перфильевым. Современники сообщают: «Незаметен был страх на лице Пугачева. С большим присутствием духа сидел он на своей скамейке». Пугачев взошел на эшафот, перекрестился и, кланяясь во все стороны, стал прощаться с народом: «…прости, народ православный». Палачи набросились на Пугачева, сорвали тулуп, стали рвать кафтан. Пугачев упал навзничь, и «вмиг окровавленная голова уже висела в воздухе» (А.С. Пушкин).
Екатерина II не желала создавать Емельяну Пугачеву образ мученика, поэтому ему сначала отрубили голову, а только потом четвертовали.
Вместе с Пугачевым казнили Перфильева, повесили Шигаева, Подурова и Торнова. Предатели Чумаков, Творогов и Федульев получили «высочайшее помилование» и были высланы на жительство в Лифляндскую губернию.
На казаков брушились страшные репрессии. Тысячи людей погибли в тюрьмах. Волжское казачество ликвидировали и перевели на Кавказ, разгромили Запорожскую Сечь. Реку Яик переименовали в Урал, а яицкое казачество в уральское. Дворянская реакция торжествовала.