Немного предыстории. До основания северной столицы эти земли принадлежали Швеции по договоренности с правителями русского государства Василием Шуйским и Михаилом Фёдоровичем в 1609 и 1617 гг. Будущая территория Санкт-Петербурга стала частью Нотебургского лена (области) шведского государства. Шведским королём Калом IX была построена крепость Ниеншанц ( на шведском Nyenskans, «Невское укрепление» ), а на другом берегу реки Охты город Ниен (на его месте Красногвардейская площадь в Питере). Очень выгодное положение привело к быстрому развитию шведского города, благодаря растущему товарообороту с русскими эти земли богатели.
В 1656 году при царе Алексее Михайловиче крепость Ниеншанц была захвачена русской армией, но по итогам войны спустя два года всё-таки осталась за шведами. Ниеншанц стал крупным и важным центром, обогнав по значимости "областной центр" - Нотебург. Здесь жили немцы, шведы, русские и финны.
В 1700 году началась Великая Северная война, которая шла 21 год. За владение прибалтийскими землями со Швецией её союзниками ( воевала коалиция североевропейских государств, в которую входила и Россия. В апрелe 1703 года 16-тысячная армия генерала-фельдмаршала Шереметева подошла к пригороду и шведской крепости. Незадолго до этих событий город Ниен был сожжен шведами, а жители эвакуированы.
Шведское командование боялось, что укрепления города будут использованы при штурме крепости Ниеншанц. Тем не менее через неделю крепость была взята русскими войсками, а по итогам войны вместе с другими землями эта территория вошла в состав России.
Остатки крепости Ниеншанц существовали, по мнению историков, вплоть до 1849 года. А в мае 1703 года Петром Великим была заложена крепость на Заячьем острове - Санкт Питербурх ( Sankt Piter-burkh), то есть крепость Святого Петра. Запись в походном журнале Петра I :
…Между тем временем господин капитан бомбардирской изволил осматривать близ к морю удобного места для здания новой фортеции и потом в скором времени изволил обыскать единой остров, зело удобной положением место, на котором в скором времени, а имянно маия в 16 день, в неделю Пятидесятницы, фартецию заложили и нарекли имя оной Санкт Питербурх.
Сейчас это Петропавловская крепость. Вариант написания латиницей в интерпретации из трёх слов Петр I заимствовал возможно в Англии, где пробыл 3 месяца. Как, например, город North East Derbyshire в английском графстве Дербишир. Хотя есть версия голландского происхождения, но там приставка в значении святой "sint" либо "sant", здесь же использована латынь "sankt".
Такое же название получил и город. Город был назван Петром I в честь своего небесного покровителя, апостола Святого Петра, который является одним из самых значимых, первоверховным из двенадцати в христианстве.
Позже, благодаря успехам императора Петра Великого на внутренней и внешней мировой арене название города чаще стали ассоциировать именно с ним. Название же сначала трансформировалось в Санкт-Петерсбурх, а позже в знакомый нам Санкт-Петербург.
Во время Первой мировой войны (войны с Германией), в 1914 году, императором Николаем II было изменено название на Петроград, чтобы избежать немецкого "бург". Ну а дальше 67 лет Ленинграда (1924-1991) и возвращение исконного названия - Санкт-Петербург, Питер, город Святого Петра.