12 марта 1976 года император Павел I издал повеление, которое обязывало его супругу императрицу Марию Федоровну «начальствовать над воспитательным обществом благородных девиц». После распоряжений Павла I князь А.Б. Куракин предложил, чтобы все дамы, получившие при императоре Павле знаки ордена Святой Екатерины, как и получающие их впредь, делали единовременный взнос на устройство пристанищ для нуждающихся.
Императрица Мария Федоровна написала письмо князю А. Б. Куракину о том, что почитает своим долгом, «как гроссмейстерина Ордена Святой Екатерины, показать пример» и определяет на учреждаемое училище из собственных доходов по 4500 рублей. Училище ордена Святой Екатерины в Санкт-Петербурге, учреждённое таким образом 25 мая 1798 года, предназначалось для дочерей потомственных дворян, которые имели офицерский чин или соответствующий чин по Табели о рангах. Учебное заведение находилось в ведении Канцелярии императрицы Марии Федоровны.
Торжественное открытие учебного заведения состоялось 12 июня 1798 года. Первоначально училище размещалось в деревянном доме напротив Таврического дворца, откуда было переведено в каменный дом на Владимирской улице. Позже император Александр I даровал для постройки здания училища земельный участок с обветшавшим Итальянским дворцом на набережной реки Фонтанки. В мае 1802 года училище переехало в одноэтажный дом на означенном участке. В 1804—1807 гг. по проекту архитектора Джакомо Кваренги было выстроено грандиозное здание в формах классицизма, выходящее фасадом на набережную реки Фонтанки.
В 1840 году композитор М. И. Глинка написал вокально-симфоническое произведение «Прощальная песнь воспитанниц Екатерининского института» на слова П. Г. Ободовского. Это произведение традиционно исполнялось в качестве гимна на последних торжествах по случаю каждого выпуска из учебного заведения бывших воспитанниц.
В 1844 году Училище Ордена Святой Екатерины было официально причислено к I-му (высшему) разряду женских институтов, дававших элитное, «приличное дворянскому сословию образование».
Постановлением Временного правительства от 26 мая 1917 года Петроградское училище ордена Святой Екатерины было передано в ведомство Министерства государственного призрения, а в декабре 1917 года — в ведение Народного комиссариата государственного призрения. 05 июня 1918 года учебное заведение было передано в ведение Народного комиссариата просвещения. В том же году училище было ликвидировано.
В советское время в здании бывшего института последовательно размещались пункт охраны детей и подростков, мебельный склад (в помещении бывшей церкви), детская поликлиника № 2, детская лечебно-профилактическая поликлиника № 24, типография № 2 Управления по печати Ленгорисполкома. Во время Великой Отечественной войны 1941—1945 гг. в здании находился эвакогоспиталь № 2012, в подвале оборудовано бомбоубежище. В 1949 году здание передано Государственной Публичной библиотеке имени М. Е. Салтыкова-Щедрина. В 1970-е гг. здание пришло в аварийное состояние и было закрыто на ремонт, который затянулся до конца 1980-х. Затем в этом корпусе находились концертный зал РНБ, отдел нотных изданий и звукозаписей, отдел газет, юношеский читальный зал, а также фонотека.