Подворье расположено в южной части Таганского района. Название получило от местности — крутого берега реки Москвы. В 13-м веке, когда был основан монастырь, это место было далеко за городом. С высокого берега хорошо можно было контролировать важнейший путь — водный на Коломну и Рязань. Мужской монастырь позже стал Московским подворьем епископов Сарских и Подонских, епархия которых находилась на территории Золотой Орды во время монгольского владычества. Фактически управление епархией велось издалека, из Москвы. Сарская (Сарайская) - от названия столицы Золотой Орды Сарай-Бату. Подонская - потому как в епархию входили и земли "по Дону". Впоследствии имя Подон, получила речка, впадающая в Москву чуть ниже монастыря. А вот речка Сара впадает выше подворья, сейчас над её коллектором проходит Саринский проезд.
С избавлением от ордынского ига и Сарская епархия потеряла свою актуальность. Но епископы, а позднее митрополиты обосновались здесь надолго. Расцвет обители связан с митрополитом Павлом II (1664—1676), основателем местной библиотеки. Именно при Павле завершается строительство Митрополичьих палат на месте старого Успенского собора и начинает строиться новый собор. Излюбленное место пребывания патриархов, Крутицы также были местом заточения протопопа Аввакума перед его проклятием на соборе 1666 года.
С приходом на царство Петра I позиции церкви были сильно ослаблены, упразднено патриаршество, митрополиты понижены в ранге. К тому же пожар 1737-го года сильно повредил постройки. В 1785-м году и Крутицкая епархия была упразднена, а территория вместе с постройками передана военному ведомству. Успенский собор так и остался собором, а вот многие здания были приспособлены под военные нужды, в частности, здесь размещалась гарнизонная гауптвахта. Гауптвахта, кстати, просуществовала до нашего времени.
Собор практически полностью выгорел во время наполеоновского нашествия. Начальник московского гарнизона приказал разобрать собор, а на его месте построить казармы. Духовенству с трудом, но удалось отстоять храм. Реконструкция длилась долго и закончилась только в 1868-м году.
Титул Митрополита Крутицкого и Коломенского восстановлен в 1920-м году для Патриаршего наместника. Сейчас митрополит Коломенский и Крутицкий Ювеналий является главой епархии, охватывающей территорию Московской области.
В 1924-м службы в церкви были прекращены. Вся территория подворья была отдана во власть военных. В 1936—1938 годах Воскресенскую церковь перестроили под казармы, а на старом кладбище спланировали футбольную площадку. Каким чудесным образом случилось, что подворье вдруг решили реконструировать, неизвестно. В 1947-м году Госкомархитектура поручил архитектору Барановскому разработать проект реконструкции подворья.
Такой поворот истории, как ни странно, во многом пошёл на пользу подворью. После 17-го века на территории, за исключением нескольких небольших построек не церковного назначения, ничего не строилось. Основа ансамбля 17-го века так и сохранилась.