С религиозной составляющей связан третий, наиболее крупный, блок загадок Тамплиеров. Были ли они христианской, католической или оккультной организацией с элементами древнеязыческих, собственных или восточных учений? Основанием для разного рода мистификаций стали сами материалы дела, в которых тамплиеры «отрекаются от Христа», «плюют на распятье» и подают множество других «знаков» о принадлежности этого духовного ордена к сатанинским культам. Но так арест тамплиеров был в интересах короля, а способ обвинения в ереси и связях с дьяволом под пытками – популярным инструментом Святой инквизиции, доверять этим версиям не предоставляется возможным.
Но подобными догадками активно пользовались уже европейские мистики в позднее средневековье, новое и новейшее время. Многие основатели оккультных учений эксплуатировали символику и тайны тамплиеров в обосновании своих доктрин. А после обозначенной исторической преемственности розенкрейцеров и португальских храмовников легенды о роли тамплиеров в организации масонских лож еще более утвердились, поскольку нашли некоторое подтверждение в реальности.
Еще одни догадки, основанные на реальных исторических условиях – возможная связь тамплиеров не только с исламом, но и с европейскими христианскими сектами. Особенно часто им предписывают манихейство и согласие по ряду позиций с катарами, которые исповедовали дуалистическое учение о борьбе в мире доброго и злого начал и о возможном спасении от земной «дьявольской» жизни через ниспослание Христа.
Однако, большинство историков сходятся на том, что тамплиеры были именно католическим духовно-рыцарским орденом.
Хотя, вполне возможно, «на местах» какие-то из организаций практиковали и некоторые мистические практики, что было возникающей тогда тенденцией времени.