Паспортные книжки Ризаитдина Фахретдина и его дочери Зайнап, хранящиеся в Национальном архиве Республики Татарстан (НА РТ), ясно отвечают на вопрос об этнической принадлежности его владельцев.
Паспорт самого Р. Фахретдинова был выдан на основании официальных государственныхдокументов. Эти данные повторяются и в других многочисленных официальных анкетах.
А паспорт его дочери З. Ризаитдиновой был заполнен со слов самого отца, указавшего, что дочь является башкиркой.
Впервые на башкирскую самоидентификацию Р. Фахретдинова обратил внимание Р. Кутушев, опубликовавший в своей статье «Материалы к биографии Ризы Фахретдинова» выписку из паспортной книжки 1906 г., хранящейся в Государственном архиве Оренбург-ской области.
Кроме того, в книге «Ризаэддин Фахреддин: жизнь длинною в вечность», изданной на русском и татарском языках в 2014 г. в Казани Д. Г. Гыймрановой, Л. И. Губайдуллиной и Р. Х. Минуллиным, дана копия метрической записи о рождении Р. Фахретдинова, хранящейся в фондах НА РТ.
В данном документе также указано на башкирское происхождение Ризаитдина Фахретдинова. В списке родившихся мальчиков за указанный год под порядковым номером 3 написано: «Ризаитдин. В каком месяце и в какой день родился: января 4 дня. Имена отца и матери: отец башкир Фахретдин, мать Магуба. В какой деревне родился: Родился в Кичучате» («Ризаитдин.(Кайу айда вә ҡайу көндә) Ғинуарның 4-нче көнөндә. (Атасын вә анасының исемләре) Атасы башҡорт Фәхретдин, анасы Мәһүбә. (Ҡайу ауылда) Кичучатта мәужуд»).
Таким образом, Ризаитдин Фахретдинов, являющийся видным башкирским ученым-исследователем истории и культуры тюркских народов Урало-Поволжья, других регионов России и в целом мира, еще в начале ХХ в. обратился к одному из актуальных во-просов, не потерявшему значения и сегодня.
Во всех известных документах он четко указал на свою башкирскую этническую принадлежность.