Для того чтобы понять, почему на конце числительного пишется «а», надо определить, как это слово образовано. Оно обозначает «три сотни» и произошло от слов «три» и «сто».
Слово «сто» сейчас склоняется по особенному типу склонения: во всех падежах, кроме именительного и винительного, оно имеет окончание -а. При счете должен использоваться родительный падеж («три окна», «три яблока»), то есть с