Богоявленско-Анастасиин монастырь в Костроме расположен в центре города, на улице Симановского. Монастырь был основан происходившим из Подмосковья учеником преподобного Сергия Радонежского — преподобным Никитой, бывшим настоятелем Высоцкого монастыря в Серпухове, а затем Высоко-Покровского монастыря в Боровске. Первоначально все постройки обители были деревянными. В XVI веке деревянные стены монастыря защищали Кострому на подступах к городу. В 1559 году началось строительство Богоявленского собора — самого древнего из сохранившихся в городе Костроме каменных сооружений. Инициатором его строительства был игумен Исайя (Шапошников), а одним из наиболее крупных жертвователей являлся князь Владимир Андреевич Старицкий, двоюродный брат царя Ивана Грозного. В XVI веке к обители были приписаны два женских монастыря — Анастасиин (основанный дочерью Дмитрия Донского — Анастасией) и Крестовоздвиженский.
В 1569 году монастырь посетил князь Владимир Андреевич Старицкий, направлявшийся с войском для защиты Астрахани; братия во главе с игуменом с честью встретила его, что послужило, вместе с торжественным приемом, оказанным князю жителями Костромы, поводом для окружения царя Ивана IV оговорить перед ним князя. В конце того же года князя Владимира убили по приказу царя в Александровской слободе. Царский гнев обрушился и на богоявленских иноков: значительная их часть вместе с игуменом Исайей была также казнена в 1570 году.
Монастырь пострадал в Смутное время. В конце 1608 года отряды Лжедмитрия II осадили Богоявленскую обитель. Несмотря на продолжительную оборону монастыря, которую вели иноки и монастырские крестьяне, польские отряды ворвались в монастырь, разграбили его и разгромили. При этом погибли 11 иноков: три священноинока — Трифилий, Макарий и Савватий, иеродиакон Афиноген, иноки — Варлаам, Дионисий, Иов, Кирилл, Максим, Иоасаф и Гурий, 5 монастырских служебников: Василий, Иван, Стефан, Никита и Диомид, и 38 монастырских крестьян.
В XVII веке велись значительные восстановительные работы. В обители была построена церковь святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова. В 1607–1618 годах была возведена двухэтажная двуглавая Трехсвятительская (позднее — Сретенская) церковь (ныне не сохранилась), в 1620-е годы — звонница с храмом во имя преподобного Сергия Радонежского в нижнем ярусе (до настоящего времени не сохранилась). В 1642–1648 годах вокруг обители взамен деревянных были выстроены каменные стены с шестью башнями, превратившие монастырь в мощную крепость. Стены сохранились лишь частично, единственная уцелевшая до нашего времени башня превращена в колокольню. Богоявленский собор был перестроен. Росписью Богоявленского собора занялись в 1667 году мастера Гурий Никитин и Сила Савин, но, к сожалению, древние фрески не сохранились.
В подклете Богоявленского собора сохраняются надгробные камни, в частности, к XV веку относятся захоронения старца Никиты и сыновей князя Василия Боровского. В XVII веке Богоявленскому монастырю покровительствовал боярский род Салтыковых, создавший в стенах обители свое родовое кладбище. На территории монастыря сохранился Трапезный корпус XVII века — трехэтажное здание с красивыми наличниками окон.
В 50-е годы XVIII века была построена Никольская церковь. Это был высокий барочный храм типа «восьмерик на четверике», с ярусным завершением. В советское время он был снесен. В XIX веке наружную лестницу Трапезной палаты, которая вела в помещения второго этажа, убрали и обозначили вход нарядным крыльцом.
После секуляризационной реформы 1764 года Анастасьин монастырь был упразднен, его инокини были переведены к Успенскому собору в Крестовоздвиженский монастырь — после этого монастырь получил название Анастасиина-Крестовоздвиженского. В 1773 году Крестовоздвиженский монастырь был уничтожен пожаром, и монахини снова были размещены в зданиях бывшего Анастасьина монастыря. После того как в 1847 году Богоявленский монастырь был почти уничтожен пожаром, он по ходатайству настоятельницы Марии был приписан к Анастасьину монастырю в 1863 году, после чего последний и получил название Богоявленско-Анастасиина.
В 1918 году монастырь был закрыт, однако Богоявленский собор стал приходским храмом и действовал до 1924 года. С 1925 года в здании закрытого собора размещалось губернское архивное бюро, ставшее затем областным архивом. В 1920–1930 годах были почти полностью уничтожены монастырские стены и большинство башен, разрушены Никольский храм и Никольская часовня. В 1982 году в Богоявленском соборе, используемом как хранилище областного архива, произошел пожар, уничтоживший остатки фресок собора XVII века.
Монастырь был возрожден 20 июля 1990 года. 17 августа 1991 года Богоявленский собор стал кафедральным собором Костромской епархии Русской православной церкви. Сюда перенесли главную святыню Костромы — Феодоровскую икону Пресвятой Богородицы.
В настоящее время на территории Богоявленско-Анастасииного женского монастыря располагаются Костромское епархиальное управление и Костромская духовная семинария (в здании Трапезной палаты). Проход посетителей на территорию монастыря запрещен; открыты только наружные входы Богоявленского собора и часовни.