Чистые пруды свое современное название получили лишь в Петровские времена. Они были куплены вместе с окружавшей их землей сподвижником и ближайшим другом Петра, Александром Меншиковым в начале XVII века.
Он приказал из очистить от нечистот, запретил сбор мусора в водоем и определил новое название (хотя доподлинно неизвестно, были ли это те самые пруды или те, что находились вблизи, ныне не существующие).
Первая версия
До этого, вплоть до конца XVII века, место и водоем носили название "Поганых прудов". Официальных исторических версий происхождения этого наименования три. Первая в том, что оно происходит от обозначения язычества на латыни «paganus». Образовано в связи с тем, что проживающие в этой части города балты использовали пруд для совершения своих обрядов и ритуалов. В частности, упоминание о Paganui Prut есть в книге курляндского писателя Рейтенфельса (XVII век), проживающего в то время в Москве.
Вторая версия
Согласно исследованиям, эта местность в то время принадлежала Степану Кучке и было небольшим селом. Юрий Долгорукий проездом остановился у Степана, но оказанный ему прием показался князю недостаточно радушным. К тому же, гость и хозяин вступили в спор, перепалку. В итоге, Долгорукий распорядился убить Кучку. Его приказание было исполнено, тело мятежного землевладельца брошено в пруд, который с того времени и стал называться Поганым.
Третья версия
Название связано именно с грязными, нечистыми водами пруда, куда мясники с Мясницкой улицы сбрасывали отходы своего промысла. С воцарением Петра Великого бывшая малозначимая в столице Мясницкая превратилась в важный тракт, ведущий к Лефортово и Преображенское, резиденции молодого царя. И ее, а также все природные объекты, необходимо было в срочном порядке привести в надлежащий вид. Чем и занялся Меншиков.