В 1264 году пленением Ариг-Буги завершилась гражданская война в Монгольской империи, единственным её ханом теперь был Хубилай, но власть его признавали далеко не все, в частности, улусы Джучи и Чагатая терпеть не могли хана-"кяфира". Все попытки приведения западных улусов к покорности гарантированно привела бы к новой гражданской войне и Хубилай принял непростое решение отказаться от контроля над западными монгольскими улусами и сосредоточить власть над покорными ему улусами Угэдэя, Толуя и завоёванными территориями Китая, управление которыми он преобразовал на китайский лад, назвав новое государство Империей Юань.
Не прекращая боевых действий против империи Сун, Хубилай коренным образом реформировал управление своей империей. Первым делом была проведена централизация управления, в рамках которой была создана полноценная пирамида власти, на вершине которой состоял он сам, являвшийся, в отличие от предшественников, абсолютным монархом. В соответствии с новым порядком управления было переделано и административно-территориальное устройство: прежние улусы заменили 11 провинций, где многочисленные потомки Чингисхана уже не имели полной власти, деля её с назначенными ханом монгольскими и китайскими чиновниками. Вообще, к китайцам и вообще к покорённому населению в империи Юань было двоякое отношение: Хубилай нуждался в китайских специалистах для управления империей и завоевания Китая и Юго-Восточной Азии, но в то же время им доверялись только технические вопросы, право решающего голоса было за монголами и отчасти выходцами из Средней Азии. Что касается простых китайцев, то они подвергались дискриминации, но в то же время императоры Юань старались не доводить их до ручки, осуществляя меры социальной поддержки, в частности, строительство больниц и детских домов, отмена или уменьшение налогов в голодные годы, раздача продовольствия неимущим.
Кроме улучшений в социальной сфере, Хубилай уделял большое внимание экономической стороне жизни своих владений, проложив систему дорог, реформировав систему землепользования и завершив, наконец, главный долгострой в истории человечества - Великий канал между Хуанхэ и Янцзы. Хубилай создал идеальную систему управления, но она держалась только на нём самом. Его преемники оказались не настолько компетентны, чтобы управлять созданной им империей и развалили всю систему управления. Последний император Юань Тогон-Тэмур умудрился спровоцировать бунт рабочих, работавших на строительстве гидросооружений на реке Хуанхэ, вылившийся в Восстание красных повязок, в результате которого монголы были изгнаны из Китая. Вернувшись на историческую родину, монголы основали государство Северная Юань, распавшееся к 1388 году.