Провальная для Монгольской империи война во Вьетнаме не смогла убедить Хубилая, что эпоха монгольских завоеваний подошла к концу. Желая во чтобы то не стало овладеть Юго-Восточной Азией, он решился на форменную авантюру - высадку десанта на Яве и последующий захват всей Индонезии. Яванская авантюра Хубилая стала последней наступательной операцией Монгольской империи, а ее окончание представляет собой трагедию с большой примесью фарса.
Вторжение на Яву начиналось для монгол уже привычным способом: в 1289 году в государство Сингасари прибыл монгольский посол, потребовавший от яванцев покорности, но правитель Сингасари Кертанагара не только отказал послу, но и велел сжечь ему лицо и в таком виде отправил обратно к Хубилаю. После этого вторжение на Яву стало неминуемо и Кертанагара, считая, что монголы первым делом нападут на Малаккский полуостров, отправил основную часть армии и флота туда, но не учел того, что у монгол есть сильно развитый флот, благодаря которому они высадятся непосредственно на Яву.
В начале 1293 года 20-тысячная монгольская армия высадилась на побережье Явы. Несмотря на то, что большая часть войска Кертаганары находилась на Малаккском полуострове и Суматре, он решил сражаться до конца, но тут ему в спину ударило вассальное княжество Кедири, разбив остатки армии Сингасари и убив Кертаганару. Казалось, монголы могли праздновать победу: самое мощное государство на территории современной Индонезии пало к их ногам фактически без боя, но это было не так.
После смерти Кертаганары престол Сингасари занял его зять Виджайя, который не только изьявил покорность монголам, но и попросил у них помощи в борьбе с мятежниками. Предпочитая иметь дело с одним покорным правителем, монголы разгромили царство Кедири, а затем подавили очаги сопротивления власти Сингасари на Суматре и Малаккском полуострове. За краткое время под властью принца Виджайи оказались наиболее населенные территории Малаккского архипелага, но он не собирался благодарить за это монгол, перейдя ко второй части своей мести.
Принц Виджайя уговорил предводителя монгол дать ему экскорт из 200 безоружных воинов, чтобы проследовать в город Маджапахит, где собирался короноваться и принести Хубилаю изьявления в покорности. Не подозревая дурного, монголы выделили экскорт, но едва он углубился в джунгли, как Виджайя завел его в засаду и полностью перебил. Вслед за этим по сигналу Виджайи по всей Индонезии началось истребление монгольских завоевателей. Индонезийцы с первых минут захватили инициативу и монголам ничего больше не оставалось, как спасаться бегством. Когда остатки монгольских войск добрались до своих кораблей, их военноначальники, наскоро посоветовавшись и воспользовавшись как удобным предлогом смертью Хубилая, решили возвращаться. Так закончилась последняя завоевательная кампания Монгольской империи, сосредоточившей все свои силы на удержании ранее завоеванных территорий, которые будет терять в течении всего XIV века, а в самой Индонезии по глупости монгол возникла новая империя, получившая название Маджапахит.