Да, можно. Если сомневаетесь, напишите заказчику запрос разъяснений по документации, прежде чем подавать заявку. Попробуйте договориться с заказчиком сразу внести изменения в документацию. Если речь идет о запросе котировок — не обращайте внимания на указание суммы НДС. При подписании госконтракта по Закону № 44-ФЗ заказчик должен будет убрать слова «с НДС», при этом не меняя суммы контракта.