Темница, заключённый которого заковывают в скафандр, грядёт война, фамилия Финдли. Это первое что мы узнаем запустив игру. Далее нас переносят на пограничный мир Мар-Сара, а точнее в бар, где одинокий Джимм Рейнор сидит выпивает виски, разглядывает фото девушки и слушает по новостям о четырёх летней годовщине окончания войны с зергами и о том какая же Рейнор и его повстанцы угроза.
Вспылив Джимм простреливает телевизор и решает возобновить застоявшуюся революцию. Повстанцы решают напасть на крупнейший транспортный узел на всей планете. И если все пройдёт удачно то приостановится вся экономическая деятельность Доминиона на всей планете.
По требованию командира адьютант также сообщает. Что станцию Дальняя используют в качестве основного транспортного узла и совсем недавно основная часть войск Доминиона покинула станцию. Ну а также, что местное население настроено против власти, но у них нет оружия и организации.
На станции повстанцы замечают практически пустые улицы, горстку солдат и голографические монументы, которые отряд с лёгкостью уничтожает. В центре города обнаруживается большой отряд Доминиона, но они встречаются с подарком Рейнора в виде капсул с повстанцами на головы. Расстреляв врагов и получив подкрепление отряд движется дальше. Но пройдя немного дальше Джимм видит следующую картину. Мирных жителей грузят в машину и собираются увезти на какие-то раскопки. Население недовольно, один из гражданских хочет сбежать, но получает очередь в спину. После этого повстанцы нападают.
Увидев эту картину мирное население воодушевляется и начинает давать отпор, схватив оружие и гранаты уничтожает аванпост Доминиона и наконец понимает, что может давать отпор захватчикам
Рейнор снова в выпивает в баре, но тут слышит как открывается дверь и кто-то облаченный в скафандр идет к нему, рука Джимма тянется к пистолету лежащему на столе, но услышав чей это голос расслабляется ведь это его старый друг, Тайкус Финдли, как верно подмечает командир повстанцев, Тайкуса заморозили, пожизненно, но особо не допытывается, поэтому Финдли отшучивается, и предлагает сделку, украсть у Доминиона артефакты пришельцев которые они выкапывают и продать знакомым заключенного которые дадут много денег.
Адьютант сообщает, о том что благодаря действиям повстанцев поднялась волна мятежей, а также, что Доминион ведет раскопки артефакта, забрав который Рейнор нанесет урон Менгску. Разбив лагерь, собрав отряд, повстанцы отправляются в атаку, с небольшими сложностями пробив базу Доминиона, повстанцы с забирают артефакт.
Оказавшись снова в баре Джимм Рейнор узнает от Тайкуса, что покупатель артефактов, вполне законопослушный фонд Мебиуса, которые после запрета на торговлю артефактами пришельцев изворачиваются как могут. А сейчас главное закрепиться на станции и дождаться прибытия корабля который увезет с этой планеты артефакт и повстанцев, но не все так просто, адьютант сообщает, что сканеры засекли сигналы зергов. Теперь основная задача продержаться, ведь зергов очень много, закрепившись укрепив лагерь бункерами собрав отряд, а также выручив несколько зажатых в угол отрядов повстанцы не выдерживают, но к счастью спасение прилетает в последнее мгновение.
Совершив гиперпрыжок, помощник Джимма включает Рейнеру репортаж из которого Джим узнает, что зерги начали массовые наступления, нападая везде, миллиарды погибших, но самое главное, что рой зергов возглавляет Королева Клинков (она же Сара Кериган и та девушка на фотографии которую разглядывал Джимм Рейнор).
Спустя небольшую передышку Джимм и Мэтт Хорнер (капитан корабля) обсуждают планы и Тайкуса, ведь спаситель повстанцев недоволен тем, что этот заключенный на корабле, но Рейнор успокаивает его. Поговорив с Рейнером Тайкус узнает, что этот корабль Гиперион, когда то был флагманом Менгска, но повстанцы его позаимствовали, а Джимм в свою очередь узнает, что с побегом из тюрьмы Тайкусу помогли и теперь за ним должок, и пока он его не выплатит из костюма он не выберется. Еще раз побеседовав с Меттом Рейнер узнает, что Менгск бросил все силы на защиту центральных миров, бросив пограничные на произвол судьбы. Спустившись в арсенал и побеседовав со своим другом и оружейником Свонном, Джимм обещает, что скоро будут деньги на улучшения для войска, но оружейник не до конца в это верит.
Получив сигнал бедствия с планеты Агрия, где на небольшую сельскохозяйственную колонию напали, Рейнор выдвигается на помощь. По видео связи доктор Ариэль Хэнсон сообщает Джимму, что нужна помощь в защите шоссе, по которому пытаются эвакуировать гражданских. С трудом пробиваясь, через все больше и больше разраставшуюся армию зергов, повстанцы провели колонистов и те спокойно улетели. А доктор Ариэль присоединяется к отряду Джимма.
В кают-компании Гипериона Рейнор встречает некого мистера Хилла, который предлагает помощь в виде наемников.
Следующим заданием Рейнор решает забрать второй артефакт находящийся на планете Монлит, который охраняют злобные фанатики протоссы называющие себя Тал-дарим, но оказывается что они тут не одни, сканеры засекают многочисленное скопление зергов, которые по всей видимости тоже покусились на святилище с артефактом.
У Джимма возникает гениальный план, пока основные силы протоссов пытаются продержаться, повстанцы высаживаются с другой стороны пробиваются через небольшие заставы Тал-дарим и забирают артефакт. Все проходит гладко кроме одного момента, у святилища были стражи которые ожили при приближении, но они не смогли сдержать армию терранов, и теперь артефакт в надежных руках.
После завершенного задания Метт настигает Тайкуса за копанием в архивах, на озвученную претензию Финдли отговаривается, что хочет быть в курсе последних событий, и узнать кто такая Королева Клинков, Хорнер поясняет, что она и Джимм были близки пока зерги не забрали ее, ну а сбежавший заключенный догадывается, что Джим винит в этом себя.
Метт решает сообщить Джимму о проделке Тайкуса, но Рейнор полностью доверяет Тайкусу.
Зайдя в только открывшуюся лабораторию Рейнор встречает молодого учёного Стетманна, который докладывает, что артефакт помещён в лабораторию и экранирован, а также сообщает, что если Джимм найдёт какие-либо редкие образцы это поможет улучшить снаряжение.
Далее доктор Ариэль Хэнсон просит Рейнера о помощи на планете Майнхофф, которая служит перевалочным пунктом для беженцев, но из-за большого скопления людей, там вспыхнула неизвестная эпидемия. Как узнает Рейнор, планету охватил вирус зергов, способный поражать даже здания, вылечить этот вирус нельзя, можно только выжечь, также Джимм узнает, что жители уже заражены и мутировали в некое подобие зергов, но которые днем прячутся под землю, а ночью выходят на охоту. Казалось бы будет невероятно сложно, но благо Свонн прислал на помощь геллионов которые невероятно мобильны и хорошо сжигают все. Собрав большой отряд, и действуя по тактике днем нападай, ночью защищайся Джимм справляется с заданием. А Ариэль находит место для убежища колонистов, планета Гавань находящаяся на границе протосского сектора, но вполне безопасная, но тут Метт задает вполне логичный вопрос, а что если среди колонистов есть зараженные, но доктор полностью отрицает это. Рейнер на всякий случай советует ей подумать о вакцине против вируса.
Теперь у Рейнора появился небольшой перерыв, поэтому всем спасибо и удачи.