Вопрос очень глобальный. Смотря для каких целей вы используете afp. Если просто для веб сёрфинга, то ничего делать не нужно. Во всех современных браузерах, уже используется HTML 5 который пришел на замену afp.
Причин несколько. Во первых не только Microsoft, а также альтернативные браузеры повсеместно отказались от флеш. У технологии слишком много проблем - флеш потребляет много ресурсов, проприетарная технология, постоянные проблемы с безопасностью - ежегодно находят несколько сотен новых уязвиомстей, половину из которых критические и позволяют взломать ваш компьютер и похитеть данные. Особенно опасны бесконечные 0day уязвимости в flash, когда не существует исправления и пользователь беззащитен перед взломом. Раньше Flash плеер терпели из-за отсутствия альтернатив. Сейчас же есть html 5.0, который поддерживают большинство браузеров и мобильных платформ .