21 февраля 1988 были сожжены единственная действующая в Иреване мечеть Демирбулаг (в начале ХХ века в городе было 8 мечетей), здание средней школы имени М.Ф. Ахундова, все оборудование Иреванского Государственного Драматического Театра имени Дж. Джаббарлы. Дома азербайджанцев, проявивших свое недовольство событиями в Иреване, также были сожжены и разграблены.
25 февраля хлынула первая волна беженцев с собственной территории Азербайджана. 540 семей (примерно 2,5 тысячи человек), не выдержавших давления и унижения со стороны армян, бежали в Агдамский район, а 150 семей (примерно 500-600 человек) – в Агджабединский район.
А на территории Армении депортация азербайджанцев с каждым днем становилась все более интенсивной. Согласно официальной информации на 28 февраля, из Кафанского в соседний Зангиланский район в качестве беженцев прибыло около 2 тысяч человек.
Согласно официальной информации на 21 марта 1988 года, с 28 февраля до этой даты из Армении прибыло 16900 человек беженцев, 8600 из которых были высланы обратно. Несмотря на все это, поток беженцев продолжался по горным дорогам из Варденисского (Басаркечяр), Масисского (Зангибасар), Разданского (Ахта), Красносельского, Ехегнадзорского, Араратского (Веди) районов Армении. Эти беженцы находили пристанище в основном в городах Гянджа, Мингечаур, Нахчыван, а также, в Шарурском, Зангиланском, Газахском, Сальянском, Ханларском (Гёйгёль), Ждановском (Бейлаган) районах Азербайджана.
11 мая 1988 года армяне совершили нападение на село Ширазлы Араратского (Веди) района, были убиты два человека, многие были ранены, дома были сожжены. Население было вынуждено уйти на советско- турецкую границу и долгое время жить в палатках.
17-20 июня 1988 собравшиеся на Театральной площади в Иреване яростные армянские группировки, на автобусах совершили нападения на азербайджанцев, проживавших в центре Масисского района и в селах Зангиляр, Захмет, Демирчилер, Достлуг, Низами и Сарванлар. Более десяти тысяч беззащитных азербайджанцев были вынуждены собраться на советско-турецкой границе и оставаться там днями и ночами. В те дни было ранено более 20 азербайджанцев. Из поселка Улуханлы в центре района из собственных домов было изгнано более 3 тысяч азербайджанцев. Во время всех этих беспорядков находящиеся в центре района силы Министерства Внутренних Дел СССР выполняли лишь роль наблюдателей.
В середине ноября 1988 года из Армении в Азербайджан прибыло более 80 тысяч беженцев. 17 ноября во время митинга, проведенного в Баку на площади Азадлыг, было принято решение о требовании предоставления автономии азербайджанцам, проживающим в Армении.
Российский историк Юрий Помпеев следующим образом описал депортацию азербайджанцев из Армении осенью 1988 года: «Беззащитных и безоружных азербайджанцев, выгоняя из дома обычно раздетыми и необутыми, говорили: «Проклятые турки, убирайтесь из Армении!»».
В ночь с 25 на 26 ноября армяне совершили вооруженное нападение на село Шаумян (прежнее название было Вартанлы) поблизости города Кировакан (нынешний Ванадзор), 14 азербайджанцев были зверски убиты и сожжены. Спасшееся население деревни в снежные и холодные дни прятались днем в горах и лесах, а ночами пускались в дорогу, и лишь через 13-14 дней смогли дойти до Азербайджана.
28 ноября 1988 года в Спитакском районе (Хамамлы) также были совершены нападения на азербайджанцев. Трое человек были убиты, 7 – тяжело ранены.
До Спитакского землетрясения 7 декабря 1988 года во всех районах, в которых проживали азербайджанцы на территории Армении, армянские вооруженные группировки совершали массовые беспорядки, убийства и грабежи.
Армянские бандиты в селе Куйбышев Степанаванского (Джалалоглы) района холодным оружием беспощадно убили еще 3-х азербайджанцев. А в селе Гергер одну женщину сожгли заживо, а труп выкинули на мусорную свалку.
Газета «Коммунист», являвшаяся органом Верховного Совета, Совета Министров и ЦК КП Армянской ССР, в статье под названием «Момент бедствия, момент ответственности», опубликованной в номере от 13 декабря 1988 года, писала: «К призывам авантюристов «Карабахского» комитета присоединился ряд партийно-советских работников, заразившихся националистическими идеями. Вместо того чтобы успокаивать бушующие страсти, ведущие к межнациональному кровопролитию в разных районах, вместо того, чтобы защищать граждан, выявлять диверсантов, они содействовали массовому изгнанию людей (то есть, азербайджанцев). Некоторые «деятели» с подобной «миссией» ходили по всем домам в Кировакане, Степанаване и Арташате. Далее газета писала о том, что руководители Калининского, Спитакского, Гугаркского, Ноэмберянского, Красносельского, Варденисского, Ехеднадзорского, Азизбековского, Араратского, Массисского, Сисианского и Мегринского районов проявляли особое усердие, дабы завершить в установленные сроки депортацию азербайджанцев.
В ноябре-декабре 1988 года, с одной стороны, притеснялось население армянских сел, в которых проживали азербайджанцы, села не обеспечивались продовольствием, прекращалась подача электроэнергии, осуществлялись вооруженные нападения, с другой стороны, семьи, покинувшие свои дома, подвергались нападениям на дорогах, их имущество разграбляли, а самих азербайджанцев жестоко убивали.
Основная часть преступлений, имевших место в Армении на националистической основе, в основном совершалась в период вынужденного переселения азербайджанского населения из своих жилых пунктов. На всех путях из Армении в Азербайджан располагались вооруженные бандитские группировки армян. Большинство разбойников надевали милицейские формы и создавали самовольные проверочно-пропускные пункты. Они останавливали все машины, проверяли документы пассажиров, и как только узнавали о том, что в машине едут азербайджанские пассажиры, высаживали их из автомобилей, разграбляли их имущество, а самих жестко избивали и убивали.
Армянское руководство, постоянно проводившее националистическую политику, продолжало свои грязные деяния и после землетрясения. К судьбам азербайджанцев, тяжело раненных, погибших или оставшихся без крова во время землетрясения, там оставались равнодушными. Руководители Спитакского и Гугаркского районов в списке, представленном военным комендантам этих районов, исключили названия азербайджанских сел из списка, как будто там уже никто не проживает. Тем самым они лишали азербайджанцев возможности получать продовольствие и прочие необходимые принадлежности, а также, медицинскую помощь.
Согласно списку беженцев, составленному в 1990 году в Обществе Беженцев Азербайджана на основании соответствующих документов и показаний свидетелей, в течение 1988-1990-х годов в Армении 216 азербайджанцев были зверски убиты или же погибли в результате межнациональных распрей. Согласно указанному списку, 52 человека погибли от полученных ранений, 34 человека были убиты в результате пыток, 20 человек погибли от огнестрельного оружия, 15 человек были сожжены, 8 человек были сбиты машиной, 9 человек попали в аварии на дорогах, 7 человек погибли в результате посягательства врачей, 9 человек – от инфаркта, перенесенного в результате ужасных переживаний, двое покончили собой, один человек был повешен, двое погибли в результате взрыва автомобиля, один погиб от удара электрического тока, одного человека задушили в воде, 6 человек пропали без вести, 20 человек пропали из больниц, 48 человек попали в бурю в горах и погибли.
Именно в результате поддержки армян Москвой в 1988 – 1989 годах на территории нынешней Армении было освобождено 170 чисто азербайджанских и 94 смешанных жилых районов. Последнее азербайджанское село, оставшееся в пограничном регионе Мегринского района Армении с Зангиланским районом - село Нувади – было освобождено 8 августа 1991 года.
В целом, в результате проведенной последней этнической чистки из 22 сел, районов и 6 городов Армении были зверски изгнаны примерно 250 тысяч азербайджанцев.
До 1988 года территория, на которой проживали азербайджанцы в Армении, составляла 25 процентов (29,8 тыс. кв. км) или же примерно 7,5 тысяч кв. км всей территории республики.
