Время "хрущевской оттепели" считается временем смягчения внутриполитической ситуации в СССР. Но в то же время, в этот период с 1958 по 1964 годы была развернута антирелигиозная кампания, которая сильно ударила по верующим.
Так, против мусульманских объединений была развернута борьба на Среднем Поволжье. А против православия опытным полем стала вся европейская часть СССР. Активная борьба против православия развернулась и на Дальнем Востоке.
Причиной этому служила слабый религиозный охват в этом регионе. Здесь было 11 церквей на весь регион (при 14477 на весь СССР).
В то же время, количество верующих в регионе увеличивалось и соответственно росло количество совершаемых церковных обрядов - крещений, венчаний, отпеваний.
В связи с этим росла и доходность от продажи свечей, предметов культа и совершения обрядов. Так, доходы только одной Свято-Никольской церкви во Владивостоке в 1955 году составили 600 тысяч рублей.
Не считая пожертвований, эти средства смогли хорошо пополнить церковную казну, вследствие чего в начале 50-х годов все православные церкви Дальнего Востока были отремонтированы и к ним были пристроены необходимые пристройки.
Такая же ситуация была и в других регионах СССР. Поэтому советское руководство решило начать наступление на церковь именно с этой - финансово-экономической стороны.
Смена курса директивно проявилась с 4 октября 1958 г., когда было принято секретное Постановление ЦК КПСС «О записке отдела пропаганды и агитации ЦК по союзным республикам «О недостатках научно-атеистической пропаганды»», требовавшее начать наступление на религиозные пережитки в сфере идеологии. С выходом 16 октября 1958 г. Постановлений Совета министров СССР №1159 «О монастырях в СССР» и №1160 «О налоговом обложении доходов предприятий епархиальных управлений» началось наступление на экономические позиции Церкви: увеличение налогов на продукцию свечных заводов, землю, находившуюся в пользовании монастырей, было призвано подорвать материальное благополучие мощной религиозной организации - монография Е.Бакшеевой "Православные объединения и духовенство Дальнего Востока РСФСР в период антирелигиозной кампании 1958 - 1964 гг"
Это серьезно подорвало укреплявшееся финансовое положение православной церкви. В том числе и на Дальнем Востоке.
Низкие доходы не позволяли содержать церкви с небольшим приходом. Они стали закрываться, а здания церквей передавались на баланс исполкомов.
На Дальнем Востоке первой в 1959 году закрыли Успенскую церковь поселка имени Лазо Приморского края. Затем было снято с регистрации православная община в поселке Магдагачи Амурской области, который был наиболее слабый в материальном плане.
Среди снятых с регистрации могла оказаться и община г. Владивостока. В октябре 1961 г. горисполком принял Решение «О сносе Свято-Никольской церкви без предоставления помещения». В ответ на многократные ходатайства членов церковного совета, прихожан городские власти предложили здание полуразрушенной казармы, находившееся в 10 км от города. Вот как описывалось верующими её месторасположение: «Поблизости на несколько километров никакого признака жилья, нет телефонной связи, нет воды. Один автобус ходит крайне редко и не может вместить всех пассажиров» - Государственный архив Приморского края Ф. Р-1578. – Оп. 1. – Д. 2, 3, 4, 14, 27.
Но так как, верующих во Владивостоке было много, то власти не решились закрыть приход.
Закрытие официальных общин привело к созданию нелегальных. К 1962 году, по данным властей на Дальнем Востоке действовало 8 таких общин.
На духовенство, в первую очередь, тех, кто выступал против мероприятий государства, оказывалось не только материальное, но и административное давление. В 1960 г. за проведение религиозной пропаганды «среди верующих, отошедших от церкви», был снят с регистрации священник Христорождественской церкви г. Хабаровска, в 1961 г. «… за нарушение законодательства о культах» – священник Александро-Невской церкви г. Хабаровска - Государственный архив Хабаровского края (ГАХК). – Ф. Р-1359. – Оп. 3. – Д. 4; 18 – 21, 24
Снятие с регистрации священнослужителей позволяло закрывать общины, оставшиеся без священников.
Таким образом, советская власть смогла восстановить контроль над церковью, утраченный в 40-х годах. Но в то же время, и церковь в этот период начала активно противодействовать государству в рамках "правового поля".