Первые пожизненные тюрьмы в Оренбургской области появились ещё в Екатеринские времена
История «Чёрного дельфина» ведёт своё начало с екатерининской поры. После подавления пугачевского бунта в 1773 году возникла в этих краях нужда в остроге для ссыльных разбойников. Минули века, но назначение заведения никогда не менялось. Крепкие стены в оренбургских степях одинаково верно служили всем Российским Государям. Была здесь и пересылка, и острог, и туберкулёзная «специализация», но тюрьма всегда оставалась тюрьмой
Колония получила своё неофициальное название по сооружённому в её дворе руками заключённых фонтану со скульптурой, изображающей чёрного дельфина.
В колонии содержатся не только пожизненно заключённые, но и заключённые с общим режимом.
В колонии поддерживается строгая изоляция от контактов между заключёнными. В камере находятся по два-четыре человека, однако есть заключённые, содержащиеся в одиночных камерах (например, людоед Владимир Николаевич). Во избежание конфликтов сокамерники подбираются после работы с психологом.
Заключённые находятся под постоянным видеонаблюдением спят при включённом свете. Подъём в 6 утра, после этого следующие 16 часов лежать и сидеть на койках категорически запрещается. Характерная черта колонии — при переходе в другой корпус заключённым завязывают глаза повязкой для дезориентации, чтобы они не могли запомнить план колонии. Минимальное количество конвоиров, сопровождающих заключённого — три человека и кинолог с собакой. Каждые 15 минут по камерам проходят дежурные. Размер камеры составляет 4,5 м², причём заключённые отделены от дверей и окон массивными стальными решётками; таким образом, камера представляет собой клетку в клетке
Получила статус колонии для пожизненно осуждённых в начале 2000-х годов.