Родился в крестьянской семье в Словакии. Служил в армии пронацистского Словацкого государства на восточном фронте, после Сталинграда понял расклад и переметнулся на сторону СССР. Стал верным сталинистом. Окончил военное училище в СССР, был агентом НКВД.
После войны стал членом Коммунистической партии Чехословакии, активно участвовал в репрессиях. Был главной силовой фигурой при подавлении Пражской весны в 1968 году.
Выступал за суровое наказание для всех инакомыслящих. Его стали чураться даже коллеги по партии и оттерли от руководящих постов.
В 1987 году на первомайской демонстрации в него кинул несколько яиц студент. Через два года в 1989 году произошла Бархатная революция. Вильям Шалгович лишился всех постов. 6 февраля 1990 года застрелился.