Датой, когда чашка Петри впервые была использована в лабораторных исследованиях, считаются 1870-е годы. В это время немецкий микробиолог Роберт Кох открыл бациллу сибирской язвы.
Он изучал бациллы сибирской язвы, и его помощники «помещали» микроорганизмы в плоскую емкость с высокими стенками. Емкости накрывали прозрачными стеклянными «колпаками», и, для того чтобы увидеть изменения, эти «колпаки» приходилось каждый раз снимать. А это нарушало чистоту экспериментов.
В числе помощников известного микробиолога был и молодой ученый Юлиус Рихард Петри. Он предложил отказаться от сосуда с высокими бортиками и заменить «колпак» плоской прозрачной «крышкой», диаметр которой был чуть больше, чем диаметр чашки. Идея понравилась Роберту Коху. Такой лабораторный сосуд действительно оказался очень удобным и позволял получить более точные результаты. А саму емкость стали называть чашкой Петри.
Но некоторые исследователи уверены в том, что чашка Петри могла носить совсем другое имя. А все потому, что такие плоские прозрачные сосуды описывали в своих работах и другие ученые. Например, Виктор Андре Корнил (1837-1908) и Виктор Бабеш (1854-1926), авторы учебника по бактериологии, который был опубликован в 1885 году. В этом же году чашку Петри описал и Эмануэль Эдвард Кляйн (1844-1925), правда назвал он ее «метод тарелки Коха». В 1886 году была опубликована статья английского ученого Перси Ф. Франкланда (1858-1946), в которой он также упоминал прозрачный сосуд с плоской крышкой. Но в 1887 году о своем «новом» лабораторном сосуде с крышкой чуть большего диаметра рассказал мировому сообществу Юлиус Рихард Петри. Изображения в статье не было, но популярность этой прозрачной емкости к тому времени была уже настолько широкой, что ее стали называть чашкой Петри.