27 февраля 1598 года Земский собор избрал царём Годунова и принёс ему присягу на верность. Это был первый избранный правитель Московского государства.
В 1598 году, с кончиной царя Федора Ивановича, прервалась царская династия Рюриковичей, исчез обруч, стягивавший воедино все враждующие группы знати, все недовольные слои населения. Именно в это тяжелейшее переходное время на русский трон был избран боярин Борис Годунов, который попытался уже на рубеже XVI — XVII вв. основать в России новую династию.
Началось все с личных связей. В годы опричнины Иван Грозный назначил Дмитрия Годунова, дядю Бориса, главой Постельного приказа. Под крылом родственника Борис получил первый придворный чин стряпчего.
В атмосфере интриг и доносов, когда любой неосторожный шаг грозил опалой и даже смертью, Годуновы беспрестанно искали пути для упрочения положения. Перед ними стоял почти непреодолимый барьер худородства, ведь они происходили из неизвестного рода вяземских дворян средней руки. Но Борис, хитрый и пронырливый, женился на дочери Малюты Скуратова, ближайшего приспешника Грозного, а свою сестру — Ирину — умудрились выдать замуж за самого царевича Федора. Именно в этот период перед Борисом забрезжила перспектива реальной власти, которую он сделал главной целью своей жизни.
Но после смерти Грозного Годунову предстояло справится с регентским советом, назначенным покойным царем в помощь слабоумному Федору. Годунову противостояли представители родовитых аристократических семей: князья Иван Мстиславский и Иван Шуйский, дядя царя боярин Никита Романов-Юрьев и выдвинувшийся в годы опричнины Богдан Бельский.
Годунов решился на опасный шаг: послал в Вену предложение в случае смерти Федора заключить брак между Ириной и немецким принцем, чтобы затем возвести его на российский престол. Но махинация Годунова была вскрыта и предана огласке, Боярская Дума потребовала суда над Годуновым за измену и попытку отдать российский престол католику. Борис уже послал своего представителя в Лондон договариваться с английской королевой о предоставлении убежища.
Годунов получил короткую передышку и успел состряпать обвинение против глав боярской оппозиции в тайных сношениях с Речью Посполитой и попытке привести на российский престол польского короля Батория. Основные обвинения он выдвинул против Шуйского. Преданные Годунову дворяне схватили несчасного, насильно постригли в монахи, а затем умертвили. Начались репрессии.
В конце концов, Годунов стал соправителем государства, принимающим самостоятельные решения от имени самодержца, и получил беспрецедентный в истории России титул: «царский шурин и правитель, слуга и конюший боярин и дворовый воевода и содержатель великих государств — царства Казанского и Астраханского».
Годунову недоставало поддержки аристократии, церкви и служилого дворянства. Переломить упорную оппозицию боярства не удавалось, и он сосредоточил усилия на привлечении на свою сторону церкви и дворян, особенно провинциальных.
26 января 1589 года на московский патриарший престол был возведен Иов, ставленник Годунова. Теперь предстояло выиграть борьбу за армию — привлечь на свою сторону служилое дворянство. Годунов понимал, что самый верный способ решения этой проблемы — экономические льготы и победоносная война.
В январе 1590 года русские войска начали наступление в Прибалтике. После некоторого времени был заключен мир, по которому Россия получала узкую береговую полосу от Нарвы до Невы и, в добавок к этому, разъяренного соседа — Швецию.
В 1591, году русские воеводы на подступах к Москве успешно отбили набег крымского хана Казы-Гирея. Этот успех Годунов тут же приписал себе. Теперь он мог рассчитывать на поддержку служилого дворянства.
Прочности власти мешало то, что в Угличе подрастал царевич Димитрий. В его окружении хватало кандидатов в соправители. И Борис принял меры. Церковь запретила упоминать Димитрия в богослужениях как рожденного Грозным в шестом браке (православные могли вступать в брак не более трех раз). Жестоким преследованиям подверглись люди из окружения царевича. Угличское княжество было взято под контроль Москвы. В мае 1591 года Димитрий погиб.
И вот 6 января 1598 года царь умер. Борьба за власть вступила в окончательную фазу.
Сначала вопреки воле Федора Борис попытался посадить на трон свою сестру, царскую вдову Ирину. По указу патриарха Иова в церквах начали приводить народ к присяге. Но боярская оппозиция опять спровоцировала народные волнения, и уже через неделю Ирина под давлением толпы отказалась от власти в пользу Боярской Думы и постриглась в монахини.
Дума попыталась собрать избирательный Земский Собор. По приказу Годунова все дороги к столице были перекрыты, и попасть на Собор могли только москвичи. В самой Думе развернулась жестокая борьба между сторонниками основных претендентов на престол, а таковых оказалось немало: Шуйские, братья Федор и Александр Романовы, Мстиславский. Борис укрылся в Новодевичьем монастыре.
Руководимый патриархом Земский Собор принял решение об избрании Годунова и специальное «уложение», которое постановляло провести шествие к Новодевичьему монастырю и «всем единогласно с великим воплем и неутешным плачем» просить Годунова принять царство.
Пока в ней шли препирательства патриарх 20 февраля организовал шествие к Новодевичьему монастырю. Годунов ответил рискованным, но умело обдуманным образом: отказался принять престол.
Боярская Дума явно не собиралась утверждать решение Земского Собора, и только 26 февраля Годунов, так и не дождавшись этого утверждения, торжественно въехал в Москву. В Успенском соборе Кремля Иов вторично благословил его на царство. Представители думской оппозиции на торжества не прибыли, и Годунов снова вернулся в монастырь.
В Новодевичий монастырь направилось третье шествие — уговаривать Бориса сесть «на своем государстве». В ответ Годунов опять заявил о готовности отречься от царского венца. И тогда инокиня Александра (постриженная царица) издала указ, которым повелела брату возвращаться в Москву и венчаться на царство.
Годунов вторично въехал в Москву, но короноваться не спешил. Думцы к тому времени попытались противопоставить ему кандидатуру татарского хана Симеона Бекбулатовича, который во времена Ивана Грозного один год формально возглавлял Земщину. Не рискнув вступать в открытую конфронтацию с Думой, Годунов нашел способ привести боярство к покорности.
На южных рубежах государства «внезапно» возникла военная опасность, и потребовался спаситель отечества. Борис возглавил поход против крымских татар, которые в этот год о набеге на Русь и не помышляли. Принцип, проверенный временем: если нужна война, а войны нет, ее надо придумать.