Для таможенных органов СССР военные годы, как и для многих, оказались непростыми. Непосредственно на фронт или в партизаны ушёл почти весь личный состав за исключением 10 %, на плечи которых легли задачи по таможенному контролю. Чуть позже этот суровый мужской коллектив разбавили прекрасным полом.
24 таможни, расположенные на западных границах, оказались захваченными гитлеровцами. Здания таможен в большинстве своем были разрушены. В боях погибли многие таможенники. Наиболее пострадали Таллинская, Рижская, Феодосийская, Туапсинская и Одесская таможни.
Основным направлением деятельности для таможенников в годы войны стали поставки товаров в СССР по ленд-лизу. Совсем недолго грузы облагались пошлиной, затем их стали оформлять в качестве благотворительной помощи.
Поставки по ленд-лизу не были безопасными. К примеру, порты Мурманска и Архангельска регулярно подвергались бомбёжкам, разрушались причалы и инфраструктура, которая обеспечивала получение грузов. Сотрудники порта вместе с таможенниками вместе вели восстановительные работы в условиях регулярных атак со стороны противника.
Бомбёжкам подвергались и уже зашедшие в порт морские судна, экипажи которых порой эвакуировались, а разгрузка товаров осуществлялась усилиями таможенников. Все понимали, насколько эти товары необходимы на фронте для приближения заветного дня Победы. Ценой своей жизни велась борьба за сохранность грузов, подвергаемых атакам.
На 1 января 1944 г. Главное таможенное управление состояло из 31 таможни, 56 таможенных постов, 23 сезонных таможенных постов.
Пропуск грузов иностранным посольствам, в первую очередь английскому и американскому, превышал установленные правительством лимиты в 20 раз.
Особенность контрабанды в 1944 г. состояла в том, что ее провоз был связан с применением ухищренных способов сокрытия, с использованием служебного положения должностными лицами под прикрытием документов, содержащих указание о секретном характере грузов, провоз в упаковке, опечатанной гербовыми сургучными печатями, под видом репарационного и возвратного груза и трофейного имущества. Контрабанда арестовывалась и передавалась на дальнейшую реализацию. Только за последние два года войны доходы от реализации конфискованных товаров составляли около 100 тысяч советских рублей.
1945 г. был годом наибольшей активности в деятельности таможенной системы. На 1 января 1945 г. сеть таможенных органов значительно выросла и имела следующую структуру: ГТУ, отделение в Ашхабаде, 53 таможни и 34 таможенных поста. Штат таможенного ведомства составил 1043 единицы.
В первой половине 1945 г. усилился поток грузов за наступающими частями Красной армии, во второй – объем пассажирских перевозок и военной техники в связи с переброской военных частей на Дальний Восток и возвращением граждан СССР, угнанных в Германию.
Таким образом, война наложила особый отпечаток на деятельность таможенников. Она вскрыла недостатки в подготовке кадров и потребовала принятия экстренных мер по перестройке всей деятельности таможенного ведомства. Но в тоже время оказало непосильный вклад в Общее дело, самоотверженность советского таможенника при несении своей службы существенно приблизили Победу.