Войска Российской империи впервые появились в Синьцзяне в 70-х годах XIX века, когда они участвовали в подавлении восстания мусульманского населения края под руководством Якуб-бека против китайцев. Они захватили Илийский край и город Кульджа.
Таким образом, была предотвращена попытка соединения северного и южного Синьцзяна в одно государство.
В 1881 году Илийский край был возвращен Китаю.
Тем не менее, согласно данному договору, получив Илийский край, китайская сторона согласилась на удовлетворение ряда требований российского правительства. Во-первых, Китай должен был выплатить России девять млн рублей на покрытие расходов по оккупации реки Или и по удовлетворению исков русских подданных, интересы которых были затронуты в период восстания в Китае. Во-вторых, подтверждались все права и привилегии России в Западном Китае и Монголии, зафиксированные в еще прежних договорах и соглашениях, а именно в Кульджинском договоре 1851 г. и Пекинском договоре 1860 г. Также достаточно расширилась предпринимательская деятельность России в западных территориях Китая; Россия получила право учредить консульства в г. Сучжоу и Турфан, а позже в г. Урумчи, Кобдо, Хами, Улясутае, Гучене; для беспошлинной торговли открывался г. Сучжоу, это позволяло России распространять свое политическое и экономическое влияние на внутренние районы северных и западных областей Китая. Договор также закреплял право подданных России и Китая ходить по Амуру, Уссури и Сунгари и торговать в расположенных по их бассейнам местностях - Договор между Россией и Китаем об Илийском крае. — Сборник договоров России с другими государствами. 1856—1917. — М., 1952.
СССР проводил в Синьцзяне ту же политику, что и Российская империя. Она основывалась на поддержке сторон гражданской войны в Китае в 1930-е годы в случае их просоветской направленности, а также приеме повстанцев в случае их поражения.
В конце 1930 г. в Синьцзяне произошло восстание мусульман. В начале 1931 г. восстание поддержал генерал Ма Чжунин. Данное восстание было направлено против местных властей, во главе которых стоял Цзинь Шужень. Формально он признавал нанкинское правительства, но в действительности его власть в провинции ничем не была ограничена. С другой стороны, генерал Ма Чжунин возглавлял 36-ю дивизию Китайской Национальной Армии Чан Кайши. Он учился в военной академии Гоминьдана и был очень лоялен к Чан Кайши и его правительству - монография А.Мавлоновой "Основные направления политики России в Синьцзяне"
В этих условиях к власти в Синьцзяне, при поддержке СССР пришел генерал Шен Шицай. Он проводил просоветскую политику и установил отношения с Китайской коммунистической партией.
Внешняя политика СССР повернулась вплотную к решению внутриполитической проблемы в Восточном Туркестане.
В Синьцзян был направлен 13-й Алматинский полк ОГПУ, переодетый в белогвардейскую форму, который вместе с нанятыми на советские деньги белогвардейскими отрядами стал воевать на стороне Шен Шицая. Повстанцы с их помощью были разгромлены.
Но национальные интересы китайцев в Синьцзяне все-таки были другие от советских. С началом Великой Отечественной войны Шен Шицай отвернулся от СССР, который перестал из-за нехватки поставлять необходимые для Синьцзяня продовольствие и снаряжение.
В мае 1943 года на заседании Политбюро ЦК ВКП(б) СССР было принято решение о свержении Шен Шицая с помощью повстанцев.
В ноябре 1944 г. в трех северных округах Синьцзяна, Тарбагатайском, Илийском и Алтайском, началось серьезное национально-освободительное движение коренных народов Синьцзяна против китайского владычества. 15 ноября, после освобождения от китайских войск столицы Илийского округа, г. Кульджи, повстанцы провозгласили создание Восточно-Туркестанской Республики, а летом 1945 г. в территориальные границы ВТР вошли Тарбагатайский и Алтайский округа. Уже к осени 1945 г. армия ВТР, при материальной и военно- Мавлонова А.С. Основные направления политики России в Синьцзяне 57 технической поддержке СССР, полностью освободила от китайских войск территорию трех округов, а также вышла к реке Манас, от которой до Урумчи оставалось чуть больше двухсот километров - Бармин В.А. Политика Советского Союза в отношении Синьцзяна в период деятельности коалиционного правительства 1946—1947 гг.
Но СССР внезапно отказался от поддержки ВТР, скорее всего опасаясь, что эта республика коренных народов Средней Азии сподвигнет не путь независимости своих соплеменников в Казахстане и советских среднеазиатских республиках.
Поэтому СССР пошел на сближение с Гоминьдановским Китаем, а затем после его поражения позволил китайским коммунистам захватить Синьцзян.
После этого, влияние СССР в регионе упало, что было также обусловлено ухудшением отношений между политическим руководством Китая и СССР.