В Казанской духовной академии с 1846 года преподавался курс монголоведения для миссионеров. Он включал монгольский и калмыцкий языки. После ликвидации в 1854 году кафедры монгольской словесности в Казанском университете, Казанская духовная академия стала вторым центром монголоведения в Российской империи после Санкт-Петербургского университета.
Первым преподавателем монгольского и калмыцкого языков в Казанской духовной академии был Алексей Александрович Бобровников, выпускник академии 1846 года. Как отмечают исследователи А.А. Бобровников (1822-1865) имел природные лингвистические данные. Его отец, иркутский протоиерей, в совершенстве владел литературным и разговорным монгольским языком, а также бурятским. Сам А.А. Бобровников, заканчивая курс духовной академии, писал: «…Ныне могу без затруднения читать книги на семи языках…» - монография Е.Колесовой "Формы подготовки преподавателей миссионерского противобуддийского (монгольского) отделения Казанской духовной академии (вторая половина XIX – 1917 год)"
Но А.Бобровников ушел из Академии в 1855 году и почти 30 лет миссионерское противобуддийское отделение работало с преподавателями из других учебных заведений.
Только в 1884 году была проведена коренная реформа образования в отделении в сторону миссионерского монголоведения, и отделение было разделена на две кафедры.
В соответствии с уставом 1884 года на монгольском отделении были открыты две кафедры. Кафедру истории и обличения ламаизма, монгольского языка с бурятским наречием занимали В.В. Миротворцев (1884-1891), И.В. Попов (1892- 1908), иеромонах Амфилохий (А.Я. Скворцов) (1911-1919). Вторая кафедра специализировалась на этнографии монгольских народов и распространения между ними христианства, калмыцкого наречия с общим филологическим обзором. Здесь работали М.С. Нефедьев (1886-1893), И.И. Ястребов (1898-1905), архимандрит Гурий (А.И. Степанов) (1906-1919). За исключением В.В. Миротворцева, все преподаватели монгольского отделения были выпускниками Казанской духовной академии - монография Е.Колесовой "Формы подготовки преподавателей миссионерского противобуддийского (монгольского) отделения Казанской духовной академии (вторая половина XIX – 1917 год)"
Формы подготовки монголоведов-миссионеров были наиболее приближены к полевым условиям. Этому способствовало то, что преподаватели и лучшие ученики ездили по стипендиям на стажировку в восточное отделение Санкт-Петербургского университета и в калмыцкие улусы для совершенствования языка. Ездили преподаватели и в центры ламаизма в Монголии, Бурятии и Тибета.
Благодаря усилиям преподавателей Казанская духовная академия стала эталоном вообще миссионерского православия. По ее образцу готовились кадры миссионеров и в других учебных православных заведениях.