В прежнее время озеро было глубже и имело большее протяжение, о чём свидетельствуют старые прибои, находящиеся на низменных берегах вдали от уреза воды. Вода пресная, мягкая и здоровая. Озеро покрывается льдом в ноябре и вскрывается в конце апреля. Дно Зайсана иловато, местами песчано и покрыто мелкой галькой. Берега низкие, заросшие на большом пространстве от воды камышом, только около Бакланьяго и Бархоцкого мысов берег чист.
В некоторых местах от горных возвышенностей входят в озеро мысы, из которых, кроме двух вышеупомянутых, наиболее известны: Вершинин, Голодаевский, Тополевый, Песчаный, Голый. В середине озера островов нет, только при впадении Чёрного Иртыша находятся два маленьких острова Канинских и близ выхода Белого Иртыша — Кылинский остров.