Уильям Белл Скотт родился в семье художников. Его отец, Роберт Скотт, был известным гравёром и графиком-пейзажистом, старший брат, Дэвид, также был живописцем. Первые художественные уроки Уильям получил от отца и брата, затем начал посещать Художественный колледж Эдинбурга где и получил образование.
В 1837-1843 годах художник жил и работал в Лондоне, затем в течение 15 лет преподавал в художественной школе в Ньюкасле, где познакомился с Данте Габриэлем Росетти и его семьёй. Среди его друзей также были художник Джон Рёскин и поэт Алджерон Суинбёрн, часто бывавший в доме у художника (Уильям написал его портрет).
В 1858 года он вернулся в Лондон, где в 1870 купил дом в Челси. В том же году была издана его книга «Жизнь Альбрехта Дюрера», посвящённая художнику.
В конце 1850-х годов Уильям завязал тесные связи с Элис Бойд, владелицей замка Пенкилл-Кастл[en] в Саут-Эршире (Шотландия). Последние годы своей жизни художник провёл в этом замке, занимаясь созданием настенных изображений, иллюстрирующих поэму короля Якова I Kingis Quair. Здесь он и скончался 22 ноября 1890 года.
