Бурунди получила независимость в 1962 году, сохранив монархию в виде конституциональной. Но ненадолго. В 1966, в результате военного переворота, полковник Мишель Мичомберо (тутси) сверг последнего мвами (короля) и настало время Первой республики.
Окружённый людьми из своего родного региона, Мичомберо почти не реформировал государство, на словах поддерживая развитие революционной риторикой. Режим был озабочен созданием армии. Она практически полностью была «очищена» от хуту, что привело к нескольким восстаниям (1965, 1969 и 1971 гг.) и крупному кризису 1972 года. В результате восстания 1972 года было убито 3 000 тутси. На что правящий режим ответил геноцидом, убив от 80 000 до 250 000 хуту, 100 000 бежали из страны, и поселились в лагерях беженцев в Танзании. Но, стоит отметить, что преследованию, в основном, подвергались образованные хуту. Были убиты практически все военные, государственные служащие, учителя, священники хуту. Целью было не столько уничтожение, сколько «децеребрация» [décérébration des Hutus] (удаление части головного мозга). Следующие 15 лет только тутси могли получить доступ к власти и богатству, в то время как хуту, из-за устранения своей элиты, «полностью опустились до статуса низшего класса».
Вторая республика. Мичомберо был свергнут полковником Жан-Батистом Багазой в ноябре 1976 года. Багаза хотел восстановления единства Бурунди. «Вторая республика соответствовала системному созданию современного государства».
Модернизационный дискурс «передавался от верхушки до низов общества диктаторским образом административными властями, которые принадлежали единой партии».
В начале Багаза обуздал коррупцию и привил строгую дисциплину на государственной службе. Он окружил себя молодыми образованными технократами, которые стали известны как jeunes cadres dynamique et compétents. Закрывал бары в рабочее время; препятствовал проведению пышных традиционных помолвок, свадеб, похорон; пытался подорвать власть католической церкви.
При нём режим предпринял ряд реформ для модернизации сельскохозяйственного сектора. Он поощрял выращивание «экспортных» культур через крупные полугосударственные организации, как Société Régional de Développement (SRD), которые предоставляли фермерам инструменты, средства производства и другие услуги. Это вынуждало фермеров, иногда в жесткой форме, отказываться от выращивания привычных им овощей и фруктов.
Но прогресс режима в области инфраструктуры был очевиден. Власти приступили к электрификации страны и расширили асфальтовую сеть с 200 км в 1976 году до 1000 км в 1987 году. Для этого была успешно мобилизована иностранная помощь.
При Второй республике укрепилась гегемония тутси. По сути Багаза возглавлял полицейское государство с повсеместным аппаратом наблюдения. Хотя упоминание этнической принадлежности было официально запрещено, дискриминация в сфере образования продолжалась. В контексте растущего недовольства позицией Багазы по отношению к церкви, коррупционных скандалов и решения об отставке группы офицеров в 1986 году, 3 сентября 1987 года майор Пьер Буйоя захватил власть в результате бескровного переворота.
Третья республика. Буйоя начал постепенную либерализацию. Свобода выражения мнений возросла, режим стремился улучшить межэтнические отношения. UPRONA распахнула свои двери для хуту, также режим освободил политических заключенных. Однако в 1988 году восстание на севере страны спровоцировало убийство армией 15 000 хуту.
После этого, отчасти отвечая на внешнее давление, Буйоя начал политический переход к демократии. Он сформировал правительство с равным числом хуту и тутси во главе с премьер-министром хуту. В 1992 г. была принята Хартия единства, разработанная смешанной комиссией. В том же году была утверждена многопартийность при подготовке к выборам 1993 года. Для этого Буйоя вынужден был лавировать между сторонниками жесткой линии тутси, которые критиковали его за мягкость, и подбадривать активистов хуту, самыми жестокими из которых были члены Партии освобождения народа хуту (PALIPEHUTU). Партия зародилась в танзанийском лагере беженцев в 1980 году, мечтала о республике хуту, похожей на руандийскую. Однако главной партией хуту был умеренный Фронт за демократию в Бурунди (FRODEBU). Созданный тайно в 1983 году, он был официально признан в 1992 году.
К удивлению многих, FRODEBU победил на выборах, передав власть гражданскому хуту Мельхиору Ндадайе. Всего через четыре месяца после победы, Ндадайе вместе с другими высокопоставленными политиками-хуту был убит офицерами тутси. Именно тогда началась многолетняя гражданская война в Бурунди.