При наличии внутриматочной патологии вероятность имплантации даже самого чудесного эмбриона снижается. Проблемы можно предположить при УЗИ (слишком толстый или наоборот слишком тонкий эндометрий, неравномерная толщина эндометрия, неоднородная его структура с гипер- и гипоэхогенными включениями, наличие жидкости в полости матки, деформация полости матки миоматозными узлами и т.д.). В таких случаях требуется проведение гистероскопии перед переносом эмбриона в полость матки. Решение о дальнейшей тактике лечения принимается в зависимости от выявленной патологии, может быть дополнительно назначена антибактериальная терапия, физиолечение.
Также большое внимание уделяется исследованию рецептивности эндометрия, т.е. его способности обеспечить адгезию (прилипание) и имплантацию эмбриона. С этой целью проводятся иммуногистохимическое исследование и тест ERA, позволяющие определить "окно имплантации" - оптимальное время для переноса эмбриона. Материал для этих исследований можно получить при гистероскопии или пайпель биопсии эндометрия. По статистике онко имплантации оказывается смешено у 25% пациенток с неудачным попытками ЭКО в прошлом.