В XVIII веке казахская степь была еще практически полностью тенгрианской. Ислам среди казахов распространялся медленно и его каноны соблюдались только высшей знатью, заинтересованной в сближении со среднеазиатскими ханствами. Простой народ продолжал верить в Тенгри и почитал духов предков.
Пользуясь таким положением, Русская православная миссия пыталась также занять доминирующее (вместе с исламом) место в духовной жизни казахской степи.
Но, до 1868 года, официального разрешения от властей на крещение казахов не давалось.
С 1868 года начал формироваться Киргизский (казахский) филиал Алтайской духовной православной миссии.
Затем начался период самостоятельной работы:
Св. Синод первоначально утвердил миссию в составе трех человек: миссионера, псаломщика и переводчика. Выбором миссионера занимался епископ Владимир (Петров). Сначала был выбран протоиерей Михаил Григорьевич Путинцев, знавший быт казахов и их язык. Весной 1882 г. он прибыл в Черно-Ануйское отделение, однако быстро был отпущен из миссии в Туркестанскую епархию, где ощущался острый недостаток священников - монография С.Голубцова "Киргизская (казахская) миссия русской православной церкви"
Вместо него был рукоположен священник Филарет Алексеевич Синьковский. Переводчиком у него был крещенный казах Алексей Холуев.
Вначале духовная миссия располагалась в Усть-Каменогорске, затем в Семипалатинске, а с декабря 1883 года в казачьем поселке Буконь, недалеко от города Кокпекты.
30 апреля 1894 года была учреждена отдельная Киргизская миссия Тобольской епархии. Располагалась она в Акмоле, Атбасаре и Каракале. Старшим миссионером в ней был Михаил Путинцев, переводчиком - казах Федор Власов.
В 1895 году обе миссии объединили в рамках образованной Омской епархии. Начальником объединенной структуры был назначен архимандрит Сергий (Петров). Его помощником был Иоанн Семенович Никольский.
Так называемые станы Киргизской епархии были самостоятельными поселками, в которых проживали новообращенные. В основном это были молодые казахи, выучившиеся в миссионерских школах.
Во время Первой мировой войны деятельность Киргизской миссий начала сокращаться из-за недофинансирования со стороны Омской епархии.
В 1918 году она прекратила свою деятельность.