Церковь в честь святителя Петра Митрополита была построена в память о человеке, который стремился примирить раздробленные русские княжества и укрепить единое русское государство.
Митрополит Петр прославился в российской истории активной деятельностью и заботами по примирению враждовавших удельных князей. Петр неустанно ездил по большим и малым городам и выступал в них с проповедями, призывая не допускать бессмысленные кровавые междоусобицы между соседними княжествами, которые только ослабляют русскую землю. Тем самым он способствовал централизации и укреплению Московского государства.
Ввиду того, что церковь значится с XVII в. на государевом старом дворе, можно думать, что она была домовой дворцовой церковью и что строителем её был кто-нибудь из великих князей Московских.
Церковь была поставлена на месте более древней деревянной, Строительство каменного храма Петра Митрополита некоторые исследователи связывают и с последними годами жизни Ивана Грозного, который считал Петра Митрополита своим покровителем. Также исследователи допускают и вероятность того, что Грозный хотел таким образом увековечить память своего убитого сына – царевича Ивана.
Шатровая форма была придана храму не случайно. На Руси именно шатровыми были большинство храмов-памятников: вмещавшие небольшое количество молящихся, они были высокими и видными издалека:
