Драма открывается вступительными текстами не связанными с основным сюжетом. В первом из них автор благодарит друзей своей молодости, которые были рядом с ним во время создания поэмы. А второй текст это спор о роли искусства в жизни человека.
В прологе к драме появляется злой дух Мефистофель. Он попадает на небо, где архангелы прославляют Господа. Мефистофель считает себя духом отрицания и скептиком. Он говорит Богу, что тот зря наделил людей разумом, ведь они всё равно остаются животными.
Господь вспоминает о враче, философе и учёном Генрихе Фаусте, который готов преодолеть любые трудности ради истины, ведь познание смысл его жизни. В ответ Мефистофель предлагает заключить пари и проверить сможет ли он завладеть душой учёного, Господь соглашается и разрешает злому духу ставить над Фаустом любые эксперименты.
В это время Фауст коротает ночь среди книг, чертежей и приборов. Он мечтает узнать тайны вселенной и постичь смысл бытия. Но знания не приближают его к истине, из-за этого доктор погружается в мрачное уныние. В отчаянии Фауст хочет принять яд, чтобы покончить с жизнью. Учёный наливает в кубок зелье и уже подносит к губам, но его останавливает праздничный звон церковных колоколов. Философ раскаивается и благодарит Бога за это спасение.
Идут пасхальные гуляния. Фауст и его юный ученик Вагнер присоединяются к весёлой толпе. Люди восхищаются доктором и выражают ему благодарность за медицинскую помощь, которую он и его покойный отец оказывали горожанам во время чумы. Но Фаусту стыдно, ведь его отец не только лечил людей, но и ставил на них эксперименты, давая им снадобья от которых многие умерли. По пути к доктору и его ученику прибивается чёрный пудель, Фауст забирает его с собой.
В своей комнате доктор садится за перевод библии, но пёс отвлекает его от работы. Фауст видит как пудель превращается в человека. Это - Мефистофель. Доктор спрашивает гостя кто он. Гость отвечает, что он является частью той силы, которая вечно творит блага, желая вершить зло. Они долго разговаривают и Мефистофель кажется учёному дельным собеседником. Когда он является к Фаусту во второй раз, то уговаривает учёного следовать за ним, чтобы познать все радости мира, но за это доктору придётся пожертвовать своей душой. Тот соглашается и договор скрепляется кровью. Теперь Фауст снова молод и хорош собой. Плащ Мефистофеля превращается в ковёр-самолёт, на котором они отправляются в путешествие.
На улице доктор видит необыкновенно красивую девушку. Её зовут Маргарита (Гретхен). Фауст влюбляется в неё и просит Мефистофеля организовать им свидание. Злой дух отвечает, что эта девушка религиозна и благочестива и у него нет власти над ней. Фауст угрожает разорвать договор и тот соглашается ему помочь.
Вскоре дьяволу удаётся организовать встречу доктора с Гретхен. Во время прогулки по саду Фауст признаётся ей в любви. Девушка отвечает ему взаимностью. Фаусту не терпится провести с ней ночь. Он уговаривает Маргариту дать матери снотворное, чтобы та не помешала их встрече. Вскоре выясняется, что затея обернулась трагедией - мать Маргариты умирает от полученных капель, так и не проснувшись. Узнав, что Гретхен вступила в связь с мужчиной, её брат вызывает доктора на поединок, во время которого погибает. Вскоре Маргарита узнаёт, что беременна. Фауст и злой дух покидают город.
Вскоре доктор забывает о возлюбленной и вспоминает о ней только в вальпургиеву ночь. Во время шАбаша ведьм и колдунов он видит призрак девушки, похожий на Маргариту. На её шее тонкая красная линия, а на ногах колодки. Мефистофель поясняет, что ведение было пророческим. Оказывается, после того как возлюбленный исчез, Гретхен долго мучилась угрызениями совести из-за смерти матери, начала бродяжничать, после утопила новорождённую дочь в пруду. За это она была приговорена к казни и теперь сидит в темнице, ожидая смерти. Узнав об этом Фауст приходит в ужас. Он требует, чтобы Мефистофель помог спасти девушку. Злой дух усыпляет охрану и Фауст пробирается в тюрьму. Маргарита ведёт себя странно, не узнаёт его. Доктор понимает, что девушка решилась рассудка. Он уговаривает её бежать, но та не хочет помощи от нечистой силы и просит похоронить её рядом матерью и братом. Гретхен просит прощения у Бога. В этот момент Господь решает спасти её душу и Маргарита умирает прямо в тюремной камере.
Фауст винит себя в гибели девушки, но вскоре Мефистофель переносит его в императорский двор. В роскоши учёный забывает о страданиях. Во время балла злой дух преподносит ему ключ, с помощью которого они попадают в волшебный мир древних героев и Богов. Там Фауст знакомится с Еленой прекрасной и древнегреческим героем Парисом. Он призывает их тени к двору немецкого оператора. Красота Елены поражает всех присутствующих и вызывает зависть придворных дам. Фауст видит в ней идеал женщины и влюбляется в неё. Но скоро волшебство рассеивается и Елена исчезает.
Затем злой дух и Фауст переносятся в старую лабораторию доктора. Там они находят Вагнера, который возомнил себя создателем и вырастил в пробирки крошечного человечка - гомункула, но это не живое существо, а признак из потустороннего мира. Вместе с Мефистофелем они переносят Фауста в загробное царство, где доктор встречает разных волшебных существ: сфинксов, ламей и сирен. Там же доктор знакомится с Хароном - перевозчиком умерших душ. Он указывает где искать Елену.
Фауст находит её в древней Спарте и жениться на ней. По началу они живут счастливо, у них рождается сын Эмфарион. Он вырастает и мечтает покорить стихию подпрыгнув до небес. Отец отговаривает его, но мальчик просит оставить его в покое. Он забирается на скалу, прыгает, но падает замертво к ногам родителей. Убитая горем Елена подбирает тело сына и исчезает вместе с ним, умоляя богиню мёртвых принять её. На прощание Елена говорит Фаусту, что сбылось данное ей предсказание: красота не может уживаться со счастьем.
Мефистофель переносит учёного обратно в Германию. Фауст мечтает о славе и власти. Он даже хочет стать равным творцу, но выбирает помочь императору и в блестящем походе отвоёвывает для него земли.
Время идёт, Фауст превращается в слепого старика. На закате жизни он понимает, что смысл жизни в служении людям. Фауст умирает.
По договору Бога с Мефистофелем после смерти душа Фауста должна отправиться в ад, но Господь прощает учёного, потому что он нашёл смысл бытия в служении человечеству. Бог велит ангелам забрать душу доктора в рай, там его встречает Маргарита и провожает в загробный мир.
