Сюжетный проект, построенный на платформе Теней Чернобыля. Во время разработки основной акцент был сделан на уникальный сюжет, новых персонажей со своей историей, множеством второстепенных заданий и группировок. На протяжении всей истории игрок трижды сменит главного героя, побывает в другой реальности, встретится лицом к лицу с самим собой и положит конец самой опасной группировке Зоны Апокалипсис.
Другими словами, кроме нового сюжетного наполнения в игре осталась прежняя графика, отсутствие оружейных паков, навороченных геймплейных фич, что идеально сохраняет атмосферу сталкера в первозданном виде и положительно сказывается на производительности.
Действия всей трилогии Апокалипсиса происходит после окончания событий Зова Припяти. Завершив операцию Фарватер в Припяти, Стрелок с группой военных отправляется на Кордон, где соглашается доставить на Янтарь продовольствие для ученых. Добравшись до бункера ученых группа Стрелка в сопровождении военного спецназа, попадает в засаду и вертолет терпит крушение. Это событие становится завязкой основного сюжета трилогии. Главной задачей для Стрелка становится расследование и сбор информации о новой и весьма загадочной группировке Апокалипсис. Главному герою просто жизненно необходимо добыть информацию о наличии у группировки уникальной установки, способной направить высвобождаемую энергию выброса на неизвестный тип оружия, способный уничтожить всех сталкеров Зоны.
Многочисленные переговоры Стрелка с лидерами военных и сталкеров увенчались успехом и помогли создать союз между двумя группировками для нанесения главного удара по командному центру Апокалипсис, расположенному в здании ЧАЭС. В ходе операции главному герою удается проникнуть в бункер управления Монолитом, где Стрелок неожиданно встречает самого себя...